1、生六神曲、炒六神曲、焦六神曲、麸炒六神曲：生六神曲味甘、辛，性温，偏于消食解表，多用于饮食积滞而挟外感之证，如脘腹胀满，不思饮食，恶寒发热等；炒六神曲味甘、气微香，偏于消导，善补中焦脾脏，健脾和胃，消胀止泻，多用于食积不化，脘腹胀满，伤食腹泻，脾胃不和，肠鸣泄泻；焦六神曲味甘、微涩，气焦香，能敛其逆气，消导力胜，其主症同炒六神曲；麸炒六神曲味甘、微涩，性温，气香浓烈，借以增强健脾和胃消食作用，具快脾开胃，消食调中之功，常用于饮食停滞，胸痞腹胀，呕吐泻痢，小儿腹大坚积等。

2、六神曲与山楂、麦芽：均有健胃消食作用，常用于治疗食积不消，胃脘胀满，不思饮食等，三者炒焦合用，称为“焦三仙”，能互相增加其消食导滞之力。但六神曲善消谷食积滞，且有一定的解表之效，对于感冒而兼有谷食积滞不化者尤为适宜；山楂善消肉积，且有行气散瘀的作用，多用于肉食积滞及瘀血阻滞的心腹疼痛，产后腹痛等；麦芽善消面食，且生者通乳，炒者回乳，多用于面食积滞，乳汁郁积不通（生用），回乳断奶（炒用）。

3、六神曲与建神曲：六神曲、建神曲所用原料和工艺各不相同，不宜混称与混用。六神曲用面粉、赤小豆、杏仁、鲜青蒿、鲜苍耳子草、鲜辣蓼等6种药发酵而成。其味甘辛，性温，为健脾和胃，消食调中之常用药；建神曲用108种草药发酵制成，故又称百草曲。表面黄褐色，有草质纤维外露，有草腥气，味微苦涩、性温，为健脾消食，理气化湿，解表解毒之品。故风寒感冒，食滞胸闷，小儿感冒挟食每多用之。

4、六神曲与半夏曲：两药均能健脾消食，但六神曲甘能治胃，功专于消化谷麦酒积，陈久者良，用于饮食积滞证；半夏曲还具化痰止咳，温胃止呕之功，用治于咳嗽痰多，胸膈痞满，饮食不消，苔腻呕恶，腰痛脚肿等。