遇到不省心的Rstudio Server安装R包总是失败怎么办？ · Issue #794 · ixxmu/mp |
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遇到不省心的Rstudio Server安装R包总是失败怎么办？ · Issue #794 · ixxmu/mp
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今天是生信星球陪你的第808天 豆豆写于2021.4.22这次的目的是解决服务器端的Rstudio安装包失败的问题 先来看常规方法以Seurat包为例，我在服务器的Rstudio中安装： options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") install.packages('Seurat')一般本地安装，这种应该比较简单就安装上了，但是在服务器上（尤其自己还没有足够的权限），可能会遇到某个依赖的动态库加载不出来的问题 看到这个libmkl_gf_lp64.so是加载不出来的 遇到这个问题，我首先想到的是怎么去安装这个库，但是搜索了一会，感觉这个方案不科学。 一是我没有权限去安装一些动态库；二是我这次解决了一个，之后可能会遇到更多，那时还要我手动一个个去解决吗？我并不想在安装R包上浪费太多时间 我们熟悉的conda登场为给自己求方便，我打算用conda安装，还是先配置好conda，然后用conda来安装一个R4.0版本 # 先安装wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shbash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -p $HOME/miniconda3echo export PATH=/home/$USER/miniconda3/bin:$PATH>>~/.bashrcsource ~/.bashrc# 添加镜像conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda config --set show_channel_urls yes# 我配置一个R 4.0conda create -n R4 -ysource activate R4conda install r-base -y# 然后用conda继续安装seurat conda install -c bioconda r-seurat -y这样，我们就能在shell中正常调用Seurat了 但是，回归到Rstudio Server，这个问题依旧没有解决，我们还是不能使用Seurat。 我们需要了解，Rstudio工作时，它也是需要制定一个安装目录的，默认的安装目录查询是： .libPaths()[1] "/home/R/xxxxx-gnu-library/4.0" "/usr/local/lib/R/site-library" [3] "/usr/local/lib/R/library"Server默认安装的路径和conda的安装路径不一致，所以conda帮忙解决的动态库问题，也无法应用到Server默认安装的路径中，因此出现了两次安装结果不一致的情况。 那么我们想，如果可以将conda的安装路径设置成Server默认安装的路径，问题岂不是解决了？ 没错！这样也就实现了使用conda安装R包的便利操作，这个操作我之前其实写过了：《141-R小技巧-R包的多版本控制》 myPaths |
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