火影忍者鸣人vs佩恩是第383话到第388话。

第383话爆发！仙人模式剧情：

鸣人在察觉到情况有异后，便与深作一同赶回木叶。但出现在他眼前的，竟是已被破坏殆尽的木叶忍者村。

纲手也为了保护村民的性命，用尽了所有的查克拉。于是鸣人强忍住愤怒与悲痛，奋不顾身地与培因展开一场激烈的对战！

鸣人与佩恩的战斗经过：

为替自来也报仇，他决定接受深作大人的提议，前往自来也曾修行的妙木山，作艰苦的“仙术”训练。

经过一番修行，鸣人总算是基本掌握了自然力量，深作将自来也的遗作——《坚毅忍传》交给鸣人。

鸣人在九尾怂恿下准备揭开封印之时，四代封印的查克拉现身阻止，鸣人才得知自己的身世，四代与鸣人交谈后重新封印九尾，并消失。

鸣人脱离地爆天星的束缚，打败天道，并用逆向探查找到佩恩本体——长门。与鸣人的交谈中，长门被鸣人感化。

放弃原定计划，决定将梦想托付给鸣人，期盼鸣人能够完成几代人的使命，之后因施展外道·轮回天生之术复活卡卡西、静音、深作等所有死者而耗尽生命。鸣人送走小南，回到木叶。

参考资料：百度百科-火影忍者疾风传