本作剧本由撰写《机动战士高达UC》故事的福井晴敏创作，故事发生在0097年，即高达独角兽故事完结的一年之后。虽然拉普拉斯之箱已经打开，新人类的权利在宇宙世纪宪章中得到承认，但世界并未因此发生多少改变。精神感应骨架全开的独角兽和报丧女妖，也逐渐被人们所遗忘。此时，失踪近两年的独角兽三号机菲尼克斯再次出现，引发了新的动乱。