MS-06D 沙漠扎古（Desert Zaku）是一年战争结束后，流落地球的吉翁残党在MS-06D沙漠型扎古的基础上，就地取材的对沙漠型扎古进行着维护和改造后得到的机型。改造的主要内容包括替换公国制式的驾驶舱为新型的全周天式驾驶舱，采用标准的MS-14系的核融炉，将功率从976KW提升至1440KW。背包增设两个燃料槽，并且全身的散热系统得到改良，小腿肚外侧也增加了两个热核涡扇引擎。同时，吉翁残党根据沙漠游击战而现地研发了一款名为“Jet Ski”系统。这是专门对应扎古系脚掌专用的地面飞行器，外表极似滑雪板。运用Jet Ski自身的推进设备，可以使MS的地面加速度上升到0.23G，从而跟上大魔系MS的移动速度。防卫武装方面，该型机左臂增设了陆战型扎古没有的小护盾，而护盾上也可搭载三联装火箭发射夹舱或对近战有利的带刺护甲。一年战争后，除将长年积累的改造小规模制式化外，MS部分的关键部位也获得了高达尼姆合金制零件的替换，耐久性能和抗打击能力得以上升。同时，机体的防沙性能也进一步提升，可以令机体完全沉于沙下而不用担心结构进沙。这一性能也令沙漠隆美尔发明了著名的潜砂战术。武装方面，早期的沙漠型扎古包括头部的40mm口径火神炮、制式手雷匣、二联装火箭弹发射器、M-120AS型120mm扎古机关枪等。一年战争之后则逐渐开始使用非制式的290mm火箭发射器，头部火神炮炮则逐渐替换为易缴获弹药的联邦制式60mm火神炮。近距离格斗则一直保持着电热斧。战地指挥官沙漠隆美尔部队使用该型机获得了不菲的战果。残党及新吉翁合流时期，著名的非洲解放战线也以蓝色涂装配备了该型机，甚至到了U.C.0096年，该型机还在被使用。