1、第1集讲述某一天，在前往研究室的时候，基拉被卷入了ZAFT军夺取高达的作战之中。利用突袭所产生的混乱，ZAFT军很快夺取了5架高达中的3架。

2、第2集讲述基拉与地球联合军的军官玛琉一起乘上唯一未被夺走的强袭高达，离开了陷入爆炸之中的工场。但是，ZAFT军的MS正守候在工场外面。

3、第3集讲述基拉等人登上了大天使号。正当众人惊诧于驾驶强袭高达的基拉只是个孩子的时候，穆看出了基拉是调整者。

4、第4集讲述带着赫利奥波利斯解体时逃出的一艘救生舱，基拉回到了大天使号上，基拉等人的同学芙蕾也在这艘救生舱里。

5、第5集讲述在强袭高达面前出现的是被夺走的四架高达。混战中，先行出击的穆出其不意地袭击了ZAFT军的威萨利乌斯号，但伊扎克和迪亚克无视撤退命令，继续攻击基拉。

6、第6集讲述艰难地摆脱了ZAFT军的追击的大天使号逃入阿尔特弥斯要塞，然而在这里等待着他们的是友军士兵的枪口。

7、第7集讲述利用ZAFT军攻击阿尔特弥斯要塞的间隙，大天使号暂时逃离了克鲁泽队的攻击。然而舰内却出现了物资严重不足的新情况。

8、第8集讲述在救生舱里的人是PLANT最高评议会议长西格尔·克莱恩的女儿、阿斯兰的未婚妻拉克丝·克莱恩。天真烂漫的拉克丝即使在敌对方的大天使号上也没有丝毫的不安感。

9、第9集讲述盼望已久的救援即将到来的消息使大天使号舰内一片轻松。芙蕾的父亲，地球联合外务次官乔治·阿尔斯塔也随先遣队一同前来。

10、第10集讲述因顾忌到拉克丝的人身安全，克鲁泽队停止了对大天使号的攻击。芙蕾将父亲的死归咎于基拉不肯全力作战。

11、第11集讲述为了完成和朋友们的约定，基拉回到了大天使号上，并就私自放走尘拿袭拉克丝一事而受审。因其并非正式军人，所以仅仅被要求反省敏老便算完事。

12、第12集讲述大天使号终于与地球联合军的第八舰队汇合了。玛琉就基拉为保护大天使号所做的一切而向其道谢。

13、第13集讲述位于地球轨道上的第八舰队开始了与克鲁泽队壮绝的会战。在数量上占绝对优势的联合军舰队被拥有4架高达的克鲁泽队打得毫无还手之力。

14、第14集讲述在与第八舰队决战的前夜，拉乌在威萨利乌斯号自己的房间里回顾了自赫利奥波利斯遇袭以来的所有事情，并且提到了乔治·格雷恩——第一个调整者。

15、第15集讲述为了救起在突入大气圈时因与决战高达战斗而偏离了降落轨道的强袭高达，大天使号不得不修正了自己的航向，降落在位于ZAFT军势力范围之内的非洲。

16、第16集讲述非洲沙漠中，大天使号遭到有着“沙漠之虎”称号的安迪·巴尔特菲尔德所率部队的夜袭。基拉驾驶强袭高达出击，但由于不习惯在沙漠中进行战斗而一度陷入了苦战之中。

17、第17集讲述依靠抵抗组织“光明沙漠”的帮助，大天使号艰难地打退了巴尔特菲尔德队的猛派兄攻。基拉意外地发现了曾在赫利奥波利斯有过一面之缘的少女卡嘉莉。

18、第18集讲述在事先进行过通告之后，巴尔特菲尔德队以弹药和粮食为目标对“光明沙漠”所居住的村庄发动了攻击。

19、第19集讲述为了补充匮乏的物资，基拉和卡嘉莉等人潜入了ZAFT军基地所在的巴拉迪亚的市场。两人偶然与“沙漠之虎”安迪·巴尔特菲尔德相见。

20、第20集讲述按照事先的约定，阿斯兰来到拉克丝的家中作客。两人谈到了基拉，阿斯兰得知基拉依旧保留着自己送给他的小鸟，心情郁郁不乐。

21、第21集讲述伊扎克与迪亚克在直布罗陀基地与“沙漠之虎”部队合流。大天使号与巴尔特菲尔德队开始决战，驾驶强袭高达的基拉也与安迪·巴尔特菲尔德交上了手。

22、第22集讲述一番激战过后，安迪·巴尔特菲尔德被重伤。大天使号离开了光明沙漠，驶入红海。基拉击退了ZAFT古恩的进攻。

23、第23集讲述大天使号艰苦地打退了莫拉希姆队的进攻，然而莫拉希姆队依旧锲而不舍地对大天使号实行追击。卡嘉莉再度驾驶空中霸王出击。

24、第24集讲述卡嘉莉驾驶的空中霸王与阿斯兰所乘坐输送机同时被击落，两人降落在同一个无人岛上。在沙滩上遇到阿斯兰的卡嘉莉被阿斯兰以武力制服。

25、第25集讲述大天使号与追击的萨拉队展开了激战，由于作战地点十分靠近中立国奥布的近海领域，因此双方同时受到奥布军的警告。

26、第26集讲述萨拉队一行四人借着奥布内部亲PLANT派的帮助秘密潜入了奥布。与奥布达成协议的大天使号开始在奥布的基地中进行修理工作

27、第27集讲述玛琉向塞、多尔等人宣布了可以在军队本部与家人会面的消息。除了芙蕾之外，众人都十分兴奋。

28、第28集讲述修理完毕的大天使号即将从奥布的基地中出发。原本想与大天使号一起行动的卡嘉莉被父亲的话所触动，留在了奥布。

29、第29集讲述迅雷高达被击破后，萨拉队不得已撤退。　　胜利归来的基拉受到整备班的祝贺，但他本人却因为杀人以及与阿斯兰的关系而无法释怀。

30、第30集讲述大天使号刚刚摆脱了萨拉队的纠缠，却又被奥斯曼队追击。在战力严重缺损的情况下，玛琉不得已放弃了对强袭高达和空中霸王二号机的搜寻救援工作，下令撤退。

31、第31集讲述大天使号刚刚摆脱了萨拉队的纠缠，却又被奥斯曼队追击。在战力严重缺损的情况下，玛琉不得已放弃了对强袭高达和空中霸王二号机的搜寻救援工作，下令撤退。

32、第32集讲述大天使号终于到达了阿拉斯加，但却被命令在舰内待机。　　克鲁泽告诉逐渐恢复的阿斯兰，他因出色的表现而将被授予星云勋章。

33、第33集讲述以维利亚姆·萨扎兰德上校为首，地球联合军军令部开始对大天使号上的指挥人员进行审议。另一方面，养伤中的基拉得到了拉克丝的精心照顾。

34、第34集讲述穆、娜塔尔和芙蕾三人告别了大天使号。随后大天使号接到命令，由第八舰队转属阿拉斯加守备军第五护卫队。

35、第35集讲述克鲁泽、穆和娜塔尔得知了联合军真正的作战计划，即以阿拉斯加基地为诱饵，把ZAFT军吸引到这里，然后使用半径为10千米的破坏武器——“独眼巨人”予其毁灭性的打击。

36、第36集讲述由于“Spit Break作战”的失败及自由高达被夺取，PLANT陷入一片混乱之中。PLANT最高评议会议长命令刚回到PLANT的阿斯兰去搜索自由高达被盗的协力人。

37、第37集讲述大天使号到达奥布，然而却无法自由行动。奥布原代表乌兹米·纳拉·阿斯哈接到了地球联合“若不协力则视为敌对行为”的威胁。　

38、第38集讲述巴拿马之战的结果是联合军高层万万没有想到的，焦虑的他们派穆尔塔·阿兹拉艾尔率领太平洋舰队前往讨伐“非我即敌”的奥布。

39、第39集讲述在阿斯兰及迪亚克的帮助下，基拉等人击退了驾驶三部最新的GAT系列高达的克罗特、夏尼和奥尔加，联合军太平洋舰队也因此被迫撤退。

40、第40集讲述联合军太平洋舰队再度对奥布发起攻击。战斗越发激烈，奥布本土岌岌可危，随时都有可能陷落。

41、第41集讲述脱离了大气圈的草剃号和大天使号准备前往位于L4的废弃了的殖民卫星群。在PLANT，帕特利克·萨拉的肃正行动仍在继续。

42、第42集讲述阿斯兰前往ZAFT的宇宙要塞“雅金·杜埃”与父亲见面，但帕特利克·萨拉“这场战争的目的就是为了灭绝自然人”的回答让阿斯兰彻底死了心。

43、第43集讲述得到ZAFT军正在向大天使号驻留的L4殖民卫星群发进的消息后，蓝色波斯菊的总帅穆尔塔·阿兹拉艾尔带着三架高达来到主天使号上，准备抢先一步对大天使号发动攻击。

44、第44集讲述危急时刻，基拉和阿斯兰先后爆发了种能力，将不利局面扳了过来；克罗特等三人被打得一败涂地，机体能量逐渐见底；与此同时，草剃号也摆脱了牵制，前来协助大天使号。

45、第45集讲述在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和基拉两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：原来基拉是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工子宫里成功出生的新人类。

46、第46集讲述战斗中，芙蕾带着“打开门的钥匙”乘上救生舱离开了威萨利乌斯号，并发出了救命信号。听到芙蕾的声音后，基拉迅即赶往救生舱，但却为三个强化人所阻拦。

47、第47集讲述得到了“中子干扰消除器”的情报的主天使号暂时撤离了战斗，向月球方向撤退，准备用核武器来压制新人类。

48、第48集讲述ZAFT军的秘密武器“创世纪”所放出的γ射线肆意地射向地球联合军的宇宙舰队，地球联合军伤亡惨重。

49、第49集讲述“创世纪”发动了第二波攻击，直接摧毁了月面基地，从月面基地出发的地球联合军舰队也被全灭。

50、第50集讲述感应到克鲁泽的存在的基拉驾驶着自由高达与天命高达开始了死斗。混战中，迪亚克所驾驶的暴风高达被天命高达的浮游炮击中；伊扎克前来援救，却被强夺高达所阻击。