公元1209年（大安元年），高昌回鹘臣附蒙古，成吉思汗赐回鹘高昌王为自己的第五子，并将公主下嫁于他。 公元13世纪（南宋）以后，天山以北广大地区的西北蒙古游牧贵族以海都、都哇为首发动叛乱，曾多次南下侵犯臣属于元朝的回鹘高昌国  。 公元1275年（南宋德祐元年），天山以北广大地区的西北蒙古游牧贵族以海都、都哇为首发动叛乱一次出兵12万围攻火州（高昌故城）达半年之久，后来亦都护（高昌王号）火赤哈尔的斤终于战死在同海都、都哇的战争中。这场战火延续40余年之久，高昌城在战乱中被毁。 公元1316年—1318年（元延祐三年至五年），受元仁宗册封继承高昌王位的火赤哈尔的斤的儿子纽林的斤，在元朝的支持下，领兵重新夺回城池。由于高昌城在战火中毁坏过甚，这次重建的火州城已不在高昌旧址，而在原高昌城西（阿斯塔那居民村附近）。元朝统治瓦解后，火洲部割据处称“地面”。