从Gaussian output 输出文件提取坐标并创建gjf输入文件和xyz文件 |
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以前写过这个脚本，最近看了看，原来的脚本有些问题，所以改了改。发现对shell, awk, sed的语法有些生疏了。所以总结了一下，写到下面。 思路：Gaussian计算中，每个构型都会输出一个如下标准去向坐标信息： Standard orientation: --------------------------------------------------------------------- Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms) Number Number Type X Y Z --------------------------------------------------------------------- 1 16 0 -0.568290 0.000015 0.000019 2 8 0 -1.446681 -0.000139 1.264413 3 8 0 -1.448231 -0.000138 -1.263295 4 8 0 0.347143 -1.263543 -0.000530 5 8 0 0.346767 1.263798 -0.000529 6 8 0 2.807224 -0.000071 -0.000060 7 1 0 2.121824 0.714647 -0.000154 8 1 0 2.121048 -0.714150 -0.000155 --------------------------------------------------------------------- Rotational constants (GHZ): 4.8965931 1.8909475 1.8838013 如果是优化计算或者扫描势能面，会有很多个Standard orientation块。 如下脚本是提取最后一个坐标信息，并提取原子数目，总电荷，自旋多重度等信息，然后生成xyz文件和gjf文件。其中gjf文件的计算指令部分仅简单设置为“MP2/aug-cc-pvdz”，可根据需要修改 代码： 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 #!/bin/bash # # 目的：从高斯输出文件中提取坐标信息生成xyz文件和输入文件 # 用法： gout2gjf xxxx.out 后面为高斯输出文件名作为参数 # # ChemiAndy, 2014.03.11 # # get the prefix of the gaussian output file NAME=`echo $1|sed "s/\..*$//"` # Find CHARGE and MULTIPlicity, get the first value in case more than one result found CHARGE=`awk '/Charge =/{print $3}' $1 | awk 'NR==1'` MULTIP=`awk '/Charge =/{print $6}' $1 | awk 'NR==1'` # Find how many atoms by reading the first string of the last line NATOM=`grep "NAtoms=" $1 | tail -1 | awk '{print $2}' ` echo "$NATOM in inputfile $1 " echo "Charge: $CHARGE" echo "Multiplicity: $MULTIP" # Find the block of the coordination, delete extra lines, and # Change the element index into their NAMEs, to be improved sed '/Standard orientation:/,/Rotational constants/!d' $1 | grep -v -E 'I|C|N|D|R|\-\-\-' | tail -$NATOM | awk '{gsub(17,"Cl",$2); gsub(16,"S",$2); gsub("1","H",$2); gsub(6,"C",$2); gsub(7,"N",$2); gsub(8,"O",$2); printf "%5s %10.6f %10.6f %10.6f\n", $2, $4, $5, $6}' > $NAME.tmp # Create xyz file cat $NAME.tmp | sed "1i ${NATOM}\n${NAME}" > $NAME.xyz echo "$NAME.xyz created." cat $NAME.tmp | sed -e "1i %chk=${NAME}.chk\n%mem=1024MB\n#MP2\/aug-cc-pvdz\n\n${NAME}\n\n${CHARGE} ${MULTIP}" -e '$a \\n' > $NAME.gjf echo "$NAME.gjf created." # Clean tmp file rm $NAME.tmp echo "$NAME.tmp deleted." echo "End!"提取文件前缀名称，是把文件名中第一个点及其之后的内容替换为空. 正则模式：\..*$ 其中第一个点\.代表文件名中的点，其中的第二个点表示任意字符，*表示任意个数 $表示直到行尾；几个技巧： 提取两匹配行之间的内容有两种方式，比如提取含关键词AAA和关键词BBB之间的所有行 (1) sed -n '/AAA/,/BBB/p' /AAA/,/BBB/是匹配AAA和BBB之间的行, p打印行，-n取消默认输出 (2) sed '/AAA/,/BBB/!d' d删除所有匹配行, !d删除匹配行之外的所有行 在文件前插入内容xxx的行： sed '1i xxx', \n表换行 在sed命令中引用shell变量： 使用双引号，并以${xxx}形式表示变量 |
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