打开AI，新建一张A4横向的画板，当然，也可以根据自己的需求自定义尺寸。

菜单栏选择文件—置入，将提前准备好的进化树（保存为矢量格式）导入到AI，点击“嵌入”。

1. 颜色划分虚线绘制

首先学习如何绘制不同颜色的虚线段用于区分不同的cluster。难点在于当进化树较为复杂时，如果按照常规方式一条条绘制会很费时。特别是线段左端是紧贴着物种学名，无规则且不等长，今天学习一个较为便捷的方式。

首先在图层属性面板将进化树所在的图层锁定（这样就不会误触），并创建新图层，专门放置下面要绘制的线段。工具栏中选择钢笔工具（或直线段工具），绘制一条水平线（绘制时长按Shift键），和进化树第一个物种分支处于同一直线。

切换到选择工具，将上一步绘制的直线段垂直复制多一条（拖拽复制时长按Alt+Shift键），和第二个物种分支处于同一水平线，之后我们只需通过重复上一操作（Ctrl+D），即可快速绘制完全部线段。

切换到钢笔工具，绘制一个不规则的闭合路径（这里用红色线段显示），该路径需要从各物种学名之后开始，且能够框选住物种学名后的全部线段，如下图。

切换到选择工具，同时选中上两步绘制的全部路径，鼠标右击—建立剪切蒙版。

然后我们就能得到从物种学名后起始的所需的线段啦！

剩下就是常规操作，选中不同cluster的线段，修改为不同颜色。

最后再在描边属性面板中，勾选虚线样式，调整虚线的长度与间隙到觉得合适即可。

2. 剪影素材添加

本期测试使用的各物种矢量剪影素材来自Phylopic素材库（https://www.phylopic.org/），有兴趣可戳往期《顶刊Nature进化树的剪影素材哪里找？宝藏大公开！！！》 查收使用指南。

如果进化树物种较多时，建议大家按照进化树顺序+物种学名进行素材的命名存储，这样可以提高后期效率。菜单栏选择文件—置入，将剪影素材导入。如果素材量较多时，不建议大家一次性全部导入，可以采取分批的方式，这样不会混乱。如下图，我们先导入第一个cluster需要添加的几个重点物种剪影。

推荐大家再次新建一个图层用于存放导入的剪影，同时锁定上一步绘制的虚线段所在图层，这样我们对导入的剪影素材进行放大、缩小或者移动等操作时就不怕误触。

导入的剪影尺寸会不一致，大家根据需求使用选择工具进行缩放，并挪动到对应位置。

剩下的物种剪影也通过相同的方式分批导入+调整大小和位置。

将剪影的填充颜色修改为与对应cluster虚线段颜色一致。

最终效果如下，是不是瞬间就高大上了！

3. 渐变色块绘制

当然，在进化树非常复杂时，绘制虚线段区分cluster还是有一丢丢繁琐，这时你又想高大上还想不费时间，可以采取文首Fig2这种为不同cluster添加渐变色块的方式进行美化。往期文章《如何绘制漂亮的进化树？》 中有详细的渐变色添加步骤，新手宝宝可戳，这里我们快速过一下。

新建一个图层用于放置色块，记得将该图层放置到最底部（不然会遮挡上方的进化树及剪影），虚线段的图层我们可以暂时关掉隐藏。使用矩形工具为不同cluster绘制矩形框，然后去掉描边颜色，填充一个白色到目标色系的线性渐变填充色即可。

最终效果如下：

好啦，今天的分享就到这里，有帮助记得点赞分享关注哦！

参考文献

Bergeron, L.A., Besenbacher, S., Zheng, J. et al. Evolution of the germline mutation rate across vertebrates. Nature (2023).

Hu, B., Guo, H., Zhou, P. et al. Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19. Nat Rev Microbiol 19, 141–154 (2021).

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