主要区别是，原产地不同、形态特征不同、特点不同，具体如下：

一、原产地不同

1、马犬

学名马里努阿犬，别名比利时马里努阿犬，马犬，是比利时牧羊犬。

2、德牧

学名德国牧羊犬，别名黑背、德国狼犬、德国狼狗，原产地德国。

二、形态特征不同

1、马犬

马里努阿犬外形匀称、流畅、呈方形，其头和颈部姿态非常优雅，它敏捷、肌肉强健、灵敏且富有活力；四肢站立时呈方形，从侧面看，背线、前肢、后肢近似正方形，给人的印象是结实而不笨重。

2、德牧

德国牧羊犬体形适中，有轻微的延展性，强壮，有强健和发达的肌肉，以及强壮的骨骼，通体紧凑和谐。

三、特点不同

1、马犬

活泼兴奋、嗅觉灵敏、胆大凶猛、攻击力强、警觉性高、探求反射强、衔取兴奋、占有欲强、服从性好、体能好、奔跑快、跳跃性好、耐力持久。从工作领域角度讲适应于刑事侦查、治安防范、缉毒、救援、检验检疫等工作领域；从专业领域角度讲适应于气味鉴别、追踪、物证搜索、搜捕、搜毒、搜爆、巡逻、警戒、守候、抓捕、防暴、救援等专业领域。

2、德牧

个性敏捷，且适合动作式的工作环境，经常被部署各种任务。因为体型高大，外观威猛，且具备极强的工作能力，因此在全世界范围以军犬、警犬、搜救犬、导盲犬、牧羊犬、观赏犬，以及家养宠物犬等身份活跃。