牙根尖手术操作过程，主要是在囊肿周围将牙龈及黏膜切开，然后将组织瓣翻开后暴露牙根尖。再通过磨头、超声骨刀等方式，去除部分骨质，暴露根尖，将根尖炎症组织刮除，牙根尖也可以磨出部分。通过根尖手术能够有效去除根尖炎症，以及根尖异物或者充填物。

通常在特殊情况才会行牙根尖手术，如牙根根尖有炎症或根管过度充填。若患者已经做烤瓷牙，但根管治疗效果尚可，患者不愿意拆烤瓷牙，根尖又再次发生根尖炎，想先将根尖炎症去除，牙则可以继续使用，此时也可以选择做根尖手术。根尖手术总体不大，大多数情况可以在门诊的局部麻醉情况下做。部分情况可能要在全身麻醉情况下做手术，如患者对手术较恐惧或后面牙齿手术操作较困难。另外根尖有较大囊肿，为了避免出血，如果行全麻手术或者在手术室手术，可能相对较安全。