上颌窦炎发病期间需要根据引发炎症的病原体类型选择抗菌素、抗病毒药物以及抗真菌类药物进行对因治疗。

细菌是引发上颌窦炎常见的病原体，如果检查确诊上颌窦炎与细菌感染有关，治疗方面需按医嘱服用青霉素V钾片等青霉素类药物、甲硝唑片等5-硝基咪唑类药、氧氟沙星片等喹诺酮类药物、头孢呋辛酯胶囊等头孢类药物进行抗感染治疗。

如果上颌窦炎病情与病毒感染有关，可遵医嘱使用抗病毒药物进行对因治疗，比如利巴韦林颗粒、磷酸奥司他韦胶囊等。

对于部分体质虚弱或存在免疫缺陷性疾病的人群而言，还可以因为真菌感染引发上颌窦炎。对于真菌感染引发的上颌窦炎，需要积极手术。

在使用上述药物进行对因治疗期间，还需按医嘱使用强的松片等糖皮质激素类药物、马来酸氯苯那敏片等抗组胺类药物进行对症治疗。