部分阴茎短小的患者因为清洗不到位，经常诱发泌尿系感染，出现包皮及阴茎头部红肿、渗出、包皮及阴茎瘙痒、疼痛等。

阴茎短小的患者，由于包皮口狭窄，再加上清洁不到位，常导致尿道口粘连，引起排尿困难，排尿时包皮可见小鼓包出现。

成年男性患隐匿阴茎时由于阴茎无法充分外露，可出现性功能障碍。

由于外生殖器的外观存在明显缺陷，患者可能存在一定程度的自卑心理。