2019年4月24日，立法院內政委員會審查人事案時陳玉珍因聽到疑似污辱金門人的辱罵，因此跳上會議桌，現場爆發衝突。事後陳玉珍在臉書發文解釋，因在吵雜中聽到「金門豬、滾回中國去」、「妳不是台灣人」，覺得是可忍孰不可忍，才會憤怒跳上桌回嗆。然而，當時亦在現場的民進黨團書記長鄭運鵬表示，並沒有聽到任何有關金門的談話，強調在場人士很多，媒體也多在現場拍攝，如真有陳玉珍所指控的發言，希望陳拿出證據，否則就是造假，應該道歉。12月2日，曾於政論節目中，被問及有關陸客來台問題時，將北京稱作為「中央」，後回答「北京中央」，最後改口為「北京的中央」，陳玉珍解釋原意為大陸的中央政府，並非將北京當作我們台灣的中央，但引起台灣社會的爭議。

12月6日，偕同國民黨立委與臺北市議員至外交部陳情，遭到場員警勸阻，雙方數度發生推擠；過程中同黨立委黃昭順把陳玉珍的手塞到門縫，造成陳玉珍的手被門夾傷，被緊急送往台大急診室就醫，事後遭外界質疑濫用醫療資源。12月9日，陳玉珍表示「當時身體不適，安排到哪邊的病床是由醫院決定」。陳玉珍在2020年4月接受《風傳媒》訪問時解釋，當時上任8個多月，每天搭飛機來往台灣與金門，長時間操勞累積才在外交部推擠衝突中因缺氧昏倒。

2020年3月11日，質疑口罩實名購買的網路預購為何需加收運費新臺幣7元，認為物流費用應含在售價的5元之中。因而受到輿論批評，同黨立委也有不同意見。3月30日，陳玉珍質詢時表示中華民國是包括台澎金馬，「中華民國是一個國家，但台灣不是」；陸委會主委陳明通回應，尊重委員的看法，但是這不是台灣社會主流意見。3月31日，蘇貞昌在立法院會前受訪時表示，「她就沒資格當國會議員」。對此陳玉珍表示，根據中華民國憲法，中華民國包括台澎金馬，但若單純講台灣那就沒包括金門等離島，陳玉珍反嗆，民進黨若真的想把國名叫做台灣，那就修憲不要說一套做一套。5月21日，陳玉珍質詢時不滿蔡英文總統一日前在就職演說中使用「中華民國台灣」、「70年」説法，她認為這是輕視離島。管碧玲質疑陳玉珍沒有對自己畢業證書中「台灣金門」抗議是雙重標準。陳玉珍則在臉書反問，管委員拿對岸發的學位證書來論證金門從屬於台灣，「這樣的做法合適嗎？妳們不是要抗中保台嗎？」

7月17日，為了讓立法院順利進入監察院人事同意權投票，藍綠兩陣營爆發激烈肢體衝突，金門縣立委陳玉珍「全副武裝」最後一人死守主席臺的奮戰精神，被民進黨立委羅致政大讚，不愧來自金門戰地！。7月22日，陳玉珍在監察院人事案攻防中不僅戰力破表，更穿上安全帽、護目鏡等等吸睛的裝備，被封為「立院新戰神」。如今國民黨將這些裝備視為「戰鬥精神」，要拿來義賣，革實院長羅智強預估，一定很搶手！。9月8日，金門女戰神陳玉珍日前透過交友軟體，成功滯銷自身卻行銷金門的動人事蹟躍上媒體版面，讓許多在地人大為感動。陳玉珍也力求改造提升異性緣，甚至連徐巧芯與網友都稱讚「珍正水」、「美過賴品妤」。

2018年7月，鏡週刊報導時任金門縣議員陳玉珍，和藝人方芳芳姊夫王正立搞曖昧，陳玉珍自認媒體報導不實，提告向鏡週刊處理該報導的相關人士以及王正立妻子方典等連帶求償300萬元。2019年10月，臺北地院法官審理後，認定陳玉珍和王男之間確實有曖昧，因此判陳玉珍敗訴。陳玉珍則主張週刊記者的報導，指她和方芳芳姊夫王正立有逾越一般正常交往行為，報導不實，且未經合理查證，侵害她的名譽權和隱私權，且刊登的照片也侵害肖像權，造成她精神上痛苦。