审稿专家意见解析:是时候了解一下空白对照、阳性对照、阴性对照了!

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审稿专家意见解析:是时候了解一下空白对照、阳性对照、阴性对照了!

2024-06-26 13:45| 来源: 网络整理| 查看: 265

延伸思考:

这里想到有的专家对关于溶剂DMSO的质疑,这里也存在作者在撰写文章时未明确交待造成的困扰

该研究为了探讨芬戈莫德(FTY-720)对缺血再灌注损伤的保护作用,并试图从神经血管单元的角度探讨可能的潜在机制。该实验将大鼠随机分为假手术组,大脑中动脉闭塞(MCAO)组(MCAO+腹腔注射DMSO),MCAO FTY-720处理组(MCAO+腹腔注射FTY-720)。该研究未说明芬戈莫德(FTY-720)是否溶于二甲基亚砜(DMSO)(一种常用的溶剂)。因为若DMSO不是作为溶剂存在,则DMSO处理的大鼠不能被视为对照组,因为DMSO本身应会对实验造成许多影响,比如DMSO体积分数较高时对细胞有毒性,可能影响对受试药物的正确评价。因而该溶剂交待对实验结果的成立,排除混杂因素对实验的干扰十分重要。

(2)假手术处理对照 (Sham control)

除此之外,在给动物造模的过程中,也会涉及到假手术处理对照 (Sham control)。

(3)同型对照 (Isotype control)

除了上述阴性对照,使用抗体治疗的组别还需要设置同型抗体作为对照(Isotype control)。例如在研究压力相关激素和神经递质对抗癌疗法影响的实验中,携带 MCA205 肿瘤的SD 小鼠和对照 (Ctrl) 小鼠分别用抗 PD-1 mAb(clone RMP1-14)以及同种型Ab(clone 2A3)治疗。

有的时候根据检测目的,阴性对照和空白对照也会被捏成一个对照。什么时候,空白组和阴性组是分开为两组的呢?比如一些细胞实验,空白对照就和阴性对照是分开的。以转目的蛋白表达的载体细胞为例,细胞可分为:实验组(转染表达目的蛋白的载体)、阴性对照(转了空载体的细胞)、空白对照(空白细胞,不转载体,细胞未做任何处理)。

主要来源:MedChemExpress LLC

2

审稿专家的意见:Does this research have any direct clinical implications to TBI or is this purely exploratory in terms of mechanistic understanding? If there are any clinical implications, consider stating them.

译文:这项研究对TBI是否有直接的临床意义,还是在机制理解方面纯粹是探索性的?如果有任何临床意义,请考虑说明。

编辑解读:说明研究的临床意义对于读者来讲十分重要,因为许多基础研究内容较为生涩难懂,使一些非该领域的研究者或大同行,甚至一般读者看不懂实验终极目标是什么,其临床转化意义究竟何在?大费周章的做这么个实验,最终临床应用潜力如何?文章中应该就研究的临床意义给予交待,以答疑解惑。

3

审稿专家的意见:Please indicate whether n = 3 refers to independent experiments or to three replicates.

译文:请说明n = 3是指独立实验还是指三个重复的实验。

编辑解读:上述信息通常要体于图题中,以体现图题的自明性,也就是脱离正文,单纯通过图题能够了解图片的意义,对图片进行解读。

4

审稿专家的意见:Please consider describing these staining procedures in greater detail, including the time and temperature of antibody incubations, and any blocking or wash procedures performed. Was any counterstain used? Please specify these details.

译文:请考虑更详细地描述这些染色程序,包括抗体孵化的时间和温度,以及任何阻断或洗涤程序。是否使用了任何反染色剂?请说明这些细节。

编辑解读:该意见对于提高免疫组化方法描述的可重复性十分有意义,值得实验中使用了该方法的研究者在撰写该部分方法时加以注意。

5

审稿专家的意见:Please indicate when DAPI staining was performed relative to primary and secondary incubations.

译文:请说明相对于一抗和二抗孵育,DAPI染色是什么时候进行的。

编辑解读:该意见同样针对免疫组化方法描述,提出了诸如DAPI的染色的时间这种容易在撰写时被忽视的问题。

6

审稿专家的意见:Please indicate the length of OGD exposure used here and the volume of cells used, the total cell count or the density.

译文:请说明这里使用的氧糖剥夺(OGD)暴露的时长和使用的细胞量,总细胞数或密度。

编辑解读:原文描述为“The experiments were performed after different OGD treatment times. Neurons for reverse-transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) were inoculated in six-well plates at a concentration of 2.5 × 106 cells/mL.”这里缺乏上述专家所提出的必要信息,使该方法的可重复性打了折扣。

7

审稿专家的意见:Did you use SLS or SDS? Please review? Typically PAGE is performed using sodium dodecyl sulfate.

译文:你是否使用了SLS或SDS?通常情况下,PAGE通过使用十二烷基硫酸钠完成。

编辑解读:Western Blot蛋白免疫印迹是对目的蛋白进行检测、分析以及定量的一种技术。蛋白质样品经SDS-PAGE 分离后从凝胶转移到固相支持物(如PVDF膜)上,后用特异性抗体对某一特定的抗原进行着色,分析着色的位置或深度获得该蛋白质在所分析的细胞或组织中的表达情况。如上可知,电泳分离蛋白质,由裂解细胞或组织制备目的蛋白质样品,经SDS-PAGE电泳处理后,不同分子质量大小的蛋白质得到分离。

此处专家的疑问在于原文描述“The protein lysate was separated by 12% sodium lauryl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis and transferred to a 0.45-µm polyvinylidene fluoride membrane (Millipore Corp, Billerica, MA, USA)”,而通常来讲,SDS-PAGE应更为广泛,所以需要作者加以明确。

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