正常月经的建立和维持有赖于处于指挥地位的「下丘脑-垂体-卵巢轴」的内分泌调节、执行命令的靶器官子宫内膜对性激素的周期性反应和下生殖道的通畅，其中任何一个环节发生障碍均可导致闭经。

由此，可将闭经分为下丘脑性闭经、垂体性闭经、卵巢性闭经、子宫性及下生殖道发育异常性闭经。

下丘脑-垂体-卵巢轴：下丘脑分泌促性腺激素释放激素（GnRH），促进垂体合成、释放卵泡刺激素和黄体生成素。卵泡刺激素（FSH）促进卵泡周围的间质分化成为卵泡膜细胞，黄体生成素（LH）作用于泡膜细胞，使之合成性激素。

下丘脑性闭经是由中枢神经系统包括下丘脑各种功能和器质性疾病引起的闭经。临床上按病因可分为功能性、基因缺陷或器质性、药物性 3 大类。

功能性闭经：是因各种应激因素抑制下丘脑促性腺激素释放激素（GnRH）分泌引起的闭经，治疗及时可逆转。

基因缺陷或器质性闭经：基因缺陷性闭经因基因缺陷引起的先天性 GnRH 分泌缺陷；器质性闭经包括下丘脑肿瘤，最常见的为颅咽管瘤。

药物性闭经：长期使用抑制中枢或下丘脑的药物，如抗精神病药物、抗抑郁药物、避孕药、甲氧氯普胺（灭吐灵）、鸦片等可抑制 GnRH 的分泌而致闭经；但一般停药后均可恢复月经。

垂体性闭经是由于垂体病变致使促性腺激素（Gn）分泌降低而引起的闭经。包括：

垂体肿瘤。

空蝶鞍综合征：由于蝶鞍隔先天性发育不全，或肿瘤及手术破坏蝶鞍隔，使充满脑脊液的蛛网膜下腔向垂体窝（蝶鞍）延伸。压迫腺垂体，使下丘脑分泌的 GnRH 和多巴胺经垂体门脉循环向垂体的转运受阻，从而导致闭经。

先天性垂体病变。

Sheehan 综合征：Sheehan（席恩）综合征是由于产后出血和休克导致的腺垂体急性梗死和坏死。可引起腺垂体功能低下。

卵巢性闭经是由于卵巢本身原因引起的闭经。分为先天性性腺发育不全、酶缺陷、卵巢抵抗综合征及后天各种原因引起的卵巢功能减退。

先天性性腺发育不全。

酶缺陷：包括 17α-羟化酶或芳香酶缺乏。

卵巢抵抗综合征：患者卵巢对促性腺激素（Gn）不敏感。

卵巢功能不全及卵巢早衰。

子宫性闭经分为先天性和获得性两种。

先天性子宫性闭经的病因包括米勒管发育异常综合征和雄激素不敏感综合征；

米勒管发育异常综合征：该类患者卵巢发育、女性生殖激素水平及第二性征完全正常；但由于胎儿期双侧剐中肾管形成的子宫段未融合而导致先天性无子宫。或双侧副中肾管融合后不久即停止发育。子宫极小，无子宫内膜，并常伴有泌尿道畸形。

雄激素不敏感综合征患者染色体核型为 46，XY，性腺是睾丸。血中睾酮为正常男性水平。但由于雄激素受体缺陷，使男性内外生殖器分化异常。雄激素不敏感综合征分为完全性和不完全性两种。完全性雄激素不敏感综合征临床表现为外生殖器女性型且发育幼稚、无阴毛；不完全性雄激素不敏感综合征可存在腋毛、阴毛，但外生殖器性别不清。

获得性子宫性闭经的病因包括感染、创伤导致宫腔粘连引起的闭经。

饮食不当，使食物中的蛋白质、脂类、维生素摄入不足，特别是蛋白质、维生素的缺乏，可使内分泌腺功能减低，而最易受到影响的就是促性腺激素的合成和分泌，同时还减低靶器官对激素的反应，而引起闭经。

精神因素是导致女性发生月经紊乱甚至闭经的一个常见的原因。

它主要是因为情绪的改变，如学习工作生活的压力、烦闷抑郁、过度紧张、重大的精神刺激等，通过大脑皮质—丘脑—下丘脑的神经内分泌途径，或经大脑—边缘系统影响下丘脑功能等途径最终影响到下丘脑促性腺激素释放激素分泌异常，从而导致了月经紊乱甚至闭经。

原发性闭经多为遗传因素或先天性发育缺陷引起。