长春市传染病医院是在长春市结核病医院基础上于2004年组建，以防治各类传染病、结核病、应对突发公共卫生事件医疗救治任务为主要功能、集医疗、预防、科研为一体的非营利性医疗机构，是省、市医保定点医院，省级计划免疫接种异常反应处理定点单位，省内唯一一家功能最全、设备最先进、规模最大的传染病医院。 

医院现有科室建制：

医院现有结核综合门诊、发热门诊、肠道门诊、关爱门诊、性病门诊、传染门诊六个门诊；传染疗区、耐多药结核疗区、中西医结合疗区、结核病综合疗区、胸外科疗区、胸膜炎疗区、糖尿病合并结核疗区、结核性脑膜炎疗区、重症疗区、骨科普外疗区十个疗区；检验科、放射科等八个医技科室。

现为国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室、国家中医药管理局中医药防治传染病临床基地、中国防痨协会医学转化创新基地、全国综合医院中医药工作示范单位、国家传染病医学中心感染性疾病专科联盟理事单位、国家传染病精准医疗与转化医学联盟理事单位、国家传染病伦理互认联盟理事单位、北京结核性诊疗技术创新联盟常务理事单位。

拥有1个国家中医药管理局中医药“十二五”临床重点专科；结核内科、传染科两个省级重点专科；吉林省传染病诊疗中心、吉林省传染病质量控制中心等六个省级中心；结核性脑膜炎研究治疗中心、重症科等五个市级重点专科。在结核性脑膜炎诊疗方面居国内领先水平、在艾滋病等传染病诊疗、中西医结合治疗传染病、多浆膜腔积液治疗、结核病合并糖尿病治疗、耐多药结核病治疗、重症结核治疗等方面达到省内先进、部分项目达到省内领先水平。成功地应对了新冠肺炎、非典、甲型H1N1流感、皮肤炭疽（疑似肺炭疽）、埃博拉、麻疹、手足口病等传染病疫情及突发公共卫生事件。

近年来，医院先后开展国家级科研课题15项、省级新立项科研课题20余项，先后荣获全国综合医院中医药工作示范单位、全国医药卫生系统先进集体、全国中医药应急工作先进集体、全省结核病防治工作目标管理先进单位等荣誉称号。