本次主要来理解一下什么是链特异性文库，为什么要构建这种文库。

首先要明确几个概念，对理解后面的讲解很有帮助：

我们可以理解为拿到基因组，从左向右读过去，这条链就是正链。

反链就是与正链互补的链，因为DNA是双螺旋结果，有正链，就会有反链。

正义链也叫编码链，正义链的序列与mRNA 的序列一样，即携带蛋白的编码信息的这一条链。

与正义链互补的链就是反义链，也叫模板链，其序列与mRNA 互补。

在这个网站学习这些概念不错 概念

通过上面这张图，我们可以区分第一组概念。

我是这样理解的，一个基因的编码序列即是我们所说的正义链，而正义链可能出现在正链上，也可能出现在反链上。

总之这些概念在之后的学习中，还是要反复地巩固，特别是有些时候翻译成中文以后，我们比较容易辨错。

公司的销售和我说，做lncRNA一般他们建议做链特异性文库，我查了一下，是链特异性文库可以记录转录本来自正链还是反链。 一般其实到这里我觉得记住就可以了，但是我觉得还是有必要进一步了解一下建库的原理，在网上搜了一下，信息还是蛮多的，主要就是要和公司确认用的文库制备方式是哪一种，比如按照illumina protocol, 做出来的方向就是reverse的方向。下面通过一张图来理解一下

最开始的步骤都一样： 搜集RNA，接着去除rRNA, 把RNA打成片段，然后就是不同的建库方法

看最左边的普通RNA建库方式： 1.首先把RNA逆转录成 cDNA, 图中的RT指的是reverse transcript 即反转录酶 2.制备完的文库，是双链cDNA， 在cDNA的两端，会加上两个对称的Y型接头，这种情况下，测得结果，我们无法确定是来自正链还是反链。

中间这幅图多展示的是用dUTP做链特异性文库： 1.使用随机引物合成RNA对应的一条cDNA链 2.接着合成cDNA的第二条链，此时采用 dUTP取代dTTP。 3.之后在两端加上接头。 4.再用USER酶处理，将含有U的cDNA链去除，此时，文库中存在的只有一条反链。 5.剩下反链两端的接头是不一样的。 6.下一步通过PCR 扩增，扩增出来的文库，保持了模板上的两个不对称的接头序列。 7.上机测序。 8.测序的过程中是可以分辨正链和反链的。

在做reads比对的时候，如果是正链reads比对到基因方向，那这个read是正义链reads， 如果是正链reads比对到基因反方向，那这个reads 就是反义链reads。

右边的图我觉得直接看比较利于理解 陈巍学基因-RiboZero和方向性RNA文库 这个视频讲的比较详细

他的一系列视频都很不错，每个小视频都是一个知识点，在家休息的可以多看看

那这样建库的意义是什么呢，这就和lncRNA 的特点有关了，有关lncRNA可以写很多的笔记，这里着重记录几个作为介绍：

还有很多的好处，这里不一一列举

其实如果放到公司里面，就是很简单的一个流程图

在搜集信息的路上，发现很多点我已经都没搞明白，都是稀里糊涂地学习，比如IGV的使用，这里发现了一个介绍视频不错，IGV ) 用得好，可以节省不少分析时间。

师兄给了我200M的lncRNA学习资料，我先学习去了