酵母双杂交检测(Yeast Two |
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检测原理: 酵母双杂交系统(Yeast two-hybrid assay)是用于体内研究蛋白相互作用的一种非常便利的工具,常用的如GAL4为基础的系统,使用酵母转录因子GAL4来检测转录激活后的蛋白相互作用。某些转录因子(如GAL4)由两个可以分开,功能上相互独立的结构域组成,N端有一个147个氨基酸组成的DNA结合域(DNA binding domain,BD),C端有一个由113个氨基酸组成的转录激活域(transcription activation domain,AD)。BD可以和上游激活序列(UAS)结合,而AD能激活UAS下游基因进行转录。单独的BD或AD不能激活基因转录,两者只有通过某种方式结合在一起形成完整的转录激活因子的功能【见图1】。酵母双杂交系统主要利用酵母GAL4的这个特性通过两个杂交蛋白在酵母细胞中的相互结合及对报告基因的转录激活来研究活细胞内蛋白质的相互作用,对蛋白质之间微弱、瞬间的作用都能通过报告基因敏感的检测到。
酵母双杂交系统应用: 对新的与已经蛋白相互作用的鉴定 对预测蛋白相互作用的确认 对蛋白相互作用区域的鉴定
图1. 双杂交检测原理图。两个蛋白分别表达,一个(诱饵蛋白bait protein)融合到Gal4 DNA结合域表达,另一个(诱捕蛋白prey protein)融合到Gal4转录激活结构域(AD)表达。在Y2HGold酵母菌株中,只有当两个蛋白之间相互作用并结合到Gal4反应性启动子上才能活化报告基因(AUR1-C, ADE2, HIS3,和MEL1)的表达。
酵母双杂交系统重要元件介绍(以Matchmarker GAL4-based two hybrid assay为例) 1、诱饵(the bait) 为了建立GAL4 DNA-BD/bait融合蛋白,推荐使用质粒pGBKT7; 要调查三元蛋白复合物,推荐使用含2个MCS区域的三杂交载体,能表达GAL4 DNA-BD/bait融合蛋白和第二个感兴趣蛋白,在bait和prey蛋白之间发挥桥梁作用。
2、检测蛋白作用的四个报告基因 Matchmarker gold系统是采用4个报告基因/3个不同bait识别序列的双杂交系统(见图2)。其采用新型稳定的酵母双杂交抗生素-金担子素Aureobasidin A(AbA)(货号:MS0002-1ML),可有效杀死非抗性克隆,从而大大降低背景克隆生长。同时有效缩减假阳性,由于人和prey蛋白单独将结合引起假阳性都需要识别3个不同序列,激活4个报告基因的表达。 4个报告基因分别是:1个AbA抗生素筛选报告基因,2个营养筛选报告基因,1个蓝白斑筛选报告基因。 1)AUR1-C AUR1基因的主要突变版,能够表达肌醇磷脂酰神经酰胺合成酶(Inositol phosphorylceramide (IPC) synthase)。当蛋白发生作用促使GAL4转录激活,AUR1-C基因进行表达。酿酒酵母中此基因的表达孵育其对高毒抗生素金担子素Aureobasidin A(AbA)的抗性。由于其背景极其低,这一筛选报告子优于单一的营养缺陷报告子。
2)HIS3 Y2HGold菌株不能合成组氨酸,从而无法在缺少这一必须氨基酸的培养基上生长。当诱饵和诱捕蛋白相互作用,Gal4反应性的His3表达促使细胞合成组氨酸并能在His缺陷培养基上生长。
3)ADE2 Y2HGold菌株无法在不含腺嘌呤的基本培养基上生长,但当两个蛋白相互作用,Ade2表达被活化,细胞能在Ade缺陷的基础培养基上生长。
4)MEL1 MEL1编码α-半乳糖苷酶,存在许多酵母菌内的天然表达蛋白。当双杂交发生,MEL1表达和分泌,在底物X-α-Gal(货号:MF2003-25MG)存在的情况下,酵母菌落变为蓝色。
3、三个不同的结合位点(three different binding sites) Y2HGold菌株三个启动子控制4个报告基因是不相关的,除UAS区域的短蛋白结合位点特异性结合Gal4 DNA-BD。因此,诱捕蛋白(文库蛋白或靶蛋白)与UAS内部或边缘的不相关序列作用(假阳性)就会自动被筛查出来。
图2. Matchmarker酵母菌株的报告基因构造。Y2HGold中,HIS3,ADE2,MEL1,和AUR1-C报告基因分别由三个完全异源的Gal4反应启动元件-G1,G2,M1操控。而启动子内的蛋白结合位点是不同的,虽然每一个结合位点与Gal4识别的17-mer共有序列相关联。
酵母双杂交系统操作流程(以Matchmarker GAL4-based two hybrid assay为例) 完整的Matchmarker筛选过程包含以下步骤: 第一步:执行对照实验; 第二步:诱饵载体的构建及自我激活和毒性检测; 第三步:筛选Mate&Plate文库 第四步:确认和阐释结果
图3.使用Mate&Plate文库进行双杂交筛选。捕获蛋白(bait protein)是酵母菌Y2HGold表达的Gal4 DNA-BD融合蛋白。高复杂性文库表达Gal4 AD融合蛋白,由Y187酵母菌提供。当两种转化菌株混合过夜能接合产生二倍体(Diploids)。此二倍体含有4个报告基因:HIS3,ADE2,MEL1和AUR1-C,受双杂交作用而活化表达。
酵母双杂交检测需要产品信息: 我司(懋康生物)提供酵母双杂交研究需要的一系列产品,从酵母菌株、酵母质粒、酵母培养基到筛选标志(抗生素),欢迎来电咨询。 一、富集培养基(Rich Medium酵母培养) 货号 名称 规格 价格(元) MS6301-350G YPD Agar Medium YPD琼脂培养基 350g 550 MS6302-250G YPD Medium YPD液体培养基 250g 438 MS6303-350G YPDA Agar Medium YPDA琼脂培养基 350g 550 MS6304-250G YPDA Medium YPDA液体培养基 250g 438 【补充描述】: 1)YPD是用于大多数酵母菌生长所需的酵母提取物、蛋白胨和葡萄糖优化配比后组成的混合物; 2)YPDA培养基是在YPD基础上添加硫酸腺嘌呤,终浓度120 µg/ml。
二、基本培养基(Minimal Medium酵母培养) 货号 名称 规格 价格(元) MS6311-467G Minimal SD Agar Base SD琼脂基础培养基 467g 1428 MS6312-267G Minimal SD Base SD基础培养基 267g 768 MS6313-270G Minimal SD Agar Base Gal/Raf SD琼脂基础培养基(含半乳糖/棉子糖) 270g 1428 MS6314-185G Minimal SD Base Gal/Raf SD基础培养基(含半乳糖/棉子糖) 185g 988 【补充描述】: 1)SD Medium:酵母菌用的基本的合成限定培养基(Minimal synthetically defined medium),包含氮源,碳源(葡萄糖,除非有特殊说明)和DO添加剂(Dropout Supplement)。 2)DO(Dropout Supplement or Solution):特定氨基酸和核苷的混合物,添加到SD base内以配制SD Medium。DO缺少一种或者更多未转化酵母菌需要的营养成分使其在SD Medium上生长,作为营养筛选标志。
三、省却成分氨基酸混合物(DO Supplements 酵母培养) 类型 名称 货号 规格 价格(元) Single Dropout Supplements (SDO) 单一省却成分添加剂 DO Supplement -His MS6316-10G 10g 418 DO Supplement -Leu MS6317-10G 10g 418 DO Supplement -Trp MS6318-10G 10g 418 DO Supplement -Ura MS6319-10G 10g 418 Double Dropout Supplements (DDO) 双省却成分添加剂 DO Supplement -His/-Leu MS6320-10G 10g 418 DO Supplement -His/-Ura MS6321-10G 10g 418 DO Supplement -Leu/-Trp MS6322-10G 10g 418 DO Supplement -Met/-Trp MS6323-10G 10g 418 DO Supplement -Trp/-Ura MS6324-10G 10g 418 DO Supplement -Trp/-His MS6325-10G 10g 418 DO Supplement -Ura/-Leu MS6326-10G 10g 418 Triple Dropout Supplements (TDO) 三省却成分添加剂 DO Supplement -His/-Leu/-Trp MS6331-10G 10g 418 DO Supplement -His/-Leu/-Ura MS6332-10G 10g 418 DO Supplement -His/-Trp/-Ura MS6333-10G 10g 418 DO Supplement -Leu/-Met/-Trp MS6334-10G 10g 418 DO Supplement -Leu/-Trp/-Ura MS6335-10G 10g 418 DO Supplement -Trp/-His/-Ade MS6336-10G 10g 418 Quadruple Dropout Supplements (QDO) 四省却成分添加剂 DO Supplement -Ade/-His/-Leu/-Trp MS6341-10G 10g 418 DO Supplement -His/-Leu/-Met/-Trp MS6342-10G 10g 418 DO Supplement -His/-Leu/-Trp/-Ura MS6343-10G 10g 418
四、酵母营养缺陷完全培养基(SD+DO Supplments) 类型 名称 货号 规格 价格(元) SD + DO Broth 酵母缺陷型完全培养基(肉汤) SD/-His Broth MS6361-5L 5L 838 SD/-Leu Broth MS6363-5L 5L 838 SD/-Trp Broth MS6365-5L 5L 838 SD/-Ura Broth MS6367-5L 5L 838 SD/-His/-Leu Broth MS6381-5L 5L 838 SD/-His/-Ura Broth MS6383-5L 5L 838 SD/-Leu/-Trp Broth MS6385-5L 5L 838 SD/-Met/-Trp Broth MS6387-5L 5L 838 SD/-Trp/-Ura Broth MS6389-5L 5L 838 SD/-Trp/-His Broth MS6391-5L 5L 838 SD/-Trp/-Ade Broth MS6393-5L 5L 838 SD/-Ura/-Leu Broth MS6395-5L 5L 838 SD/-His/-Leu/-Trp Broth MS6411-5L 5L 838 SD/-His/-Leu/-Ura Broth MS6413-5L 5L 838 SD/-His/-Trp/-Ura Broth MS6415-5L 5L 838 SD/-Leu/-Met/-Trp Broth MS6417-5L 5L 838 SD/-Leu/-Trp/-Ura Broth MS6419-5L 5L 838 SD/-Trp/-His/-Ade Broth MS6421-5L 5L 838 SD/-Ade/-His/-Leu/-Trp Broth MS6431-5L 5L 838 SD/-His/-Leu/-Met/-Trp Broth MS6433-5L 5L 838 SD/-His/-Leu/-Trp/-Ura Broth MS6435-5L 5L 838 SD + DO with Agar 酵母缺陷型完全培养基(琼脂) SD/-His with Agar MS6362-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Leu with Agar MS6364-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Trp with Agar MS6366-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Ura with Agar MS6368-5L 10×0.5 L 1078 SD/-His/-Leu with Agar MS6382-5L 10×0.5 L 1078 SD/-His/-Ura with Agar MS6384-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Leu/-Trp with Agar MS6386-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Met/-Trp with Agar MS6388-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Trp/-Ura with Agar MS6390-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Trp/-His with Agar MS6392-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Trp/-Ade with Agar MS6394-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Ura/-Leu with Agar MS6396-5L 10×0.5 L 1078 SD/-His/-Leu/-Trpwith Agar MS6412-5L 10×0.5 L 1078 SD/-His/-Leu/-Urawith Agar MS6414-5L 10×0.5 L 1078 SD/-His/-Trp/-Urawith Agar MS6416-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Leu/-Met/-Trpwith Agar MS6418-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Leu/-Trp/-Urawith Agar MS6420-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Trp/-His/-Adewith Agar MS6422-5L 10×0.5 L 1078 SD/-Ade/-His/-Leu/-Trpwith Agar MS6432-5L 10×0.5 L 1078 SD/-His/-Leu/-Met/-Trpwith Agar MS6434-5L 10×0.5 L 1078 SD/-His/-Leu/-Trp/-Urawith Agar MS6436-5L 10×0.5 L 1078
五、筛选抗生素(底物)
货号 名称 规格 价格(元) MS0002-1ML Aureobasidin A(AbA)金担子素A(1 mg/ml) 1ml 900 MF2003-25MG X-α-Gal 5-溴-4-氯-3-吲哚-α-D-吡喃半乳糖苷 25mg 285 MF2001-1G X-Gal 5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-吡喃半乳糖苷 1g 280 MF2522-500MG 5-Fluoroorotic acid monohydrate (5-FOA) 5-氟乳清酸一水合物 500mg 316 【补充描述】: 1)Aureobasidin A(AbA)金担子素A是报告基因AUR1-C的筛选抗生素,以判断酵母菌是否能表达赋予其AbA抗性的酶。 2)X-α-Gal是α-半乳糖苷酶(由MEL1基因编码)的底物,当双杂交发生时MEL1报告基因正常表达催化底物发生颜色反应,使得酵母菌落呈蓝色。 3)X-Gal是ß-半乳糖苷酶(由lacz基因编码)的底物。 4)5-FOA(5-氟乳清酸)酵母反筛选(counter-selection)底物,常用于酿酒酵母(URA3)的鉴定和筛选。
六、酵母质粒提取试剂盒 货号 名称 规格 价格(元) D3376-01 酵母质粒抽提试剂盒Yeast Plasmid Kit(Omega Biotek) 50次 495 【试剂盒工作原理】: 该试剂盒把硅胶柱纯化技术同经典的SDS碱裂解法结合起来,用户可在1小时内从酵母培养液中纯化出高纯度的质粒DNA。纯化过程不需用任何到有害的有机物抽提,亦不需用到耗时的乙醇沉淀。质粒DNA的产量依赖于酵母携带质粒的拷贝数,酵母菌株以及生长条件。一般来说,酵母质粒的拷贝数较低,5.0ml过夜培养液中质粒DNA产量约为1.0 µg左右。纯化的质粒可直接用于酶切,PCR,电转化等应用。酵母收集后,加入破壁酶和玻璃珠去除细胞壁,用传统碱裂法裂解细胞,然后将获得的上清液转移至结合柱结合DNA,经过两次快速洗涤,最后用无菌水洗脱出质粒DNA。
七、酵母转化试剂盒
货号 名称 规格 价格(元) MF2501-200T Yeast Transformation Kit 酵母转化试剂盒 200T 768 T2001 Frozen-EZ Yeast Transformation II Kit 酵母转化试剂盒 120 Rxns 1246 【补充描述】: 酵母质粒转化试剂盒,含PEG/liAC酵母转化需要的所有试剂,操作简单,转化效率高。
八、酵母双杂交菌和感受态细胞 货号 名称 规格 价格(元) MF2351-300UL Y2HGold Yeast Strain 酵母双杂交用甘油菌 300μl 咨询 MF2352-100UL Y2HGold Chemically Competent Cell 酵母菌化学感受态细胞 100μl 咨询 MF2353-300UL Y187 Yeast Strain 酵母双杂交用甘油菌 300μl 咨询 MF2354-100UL Y187 Chemically Competent Cell 酵母菌化学感受态细胞 100μl 咨询
九、酵母菌载体 货号 名称 规格 价格(元) MF3601-20UL pGBKT7 DNA-BD Vector 酵母双杂交克隆载体 20μl 咨询 MF3602-20UL pGBKT7-53 Vector 酵母双杂交对照载体 20μl 咨询 MF3603-20UL pGBKT7-Lam Vector 酵母双杂交对照载体 20μl 咨询 MF3604-20UL pGADT7-AD Vector 酵母双杂交克隆载体 20μl 咨询 MF3605-20UL pGADT7-T Vector酵 母双杂交对照载体 20μl 咨询 MF3606-20UL pBridge Vector 酵母三杂交克隆载体 20μl 咨询 MF3609-20UL pGBT9 Vector 酵母双杂交克隆载体 20μl 咨询
— —Written/Edited by V. Shallan【版权归MKBio懋康所有】
上海懋康生物科技有限公司是一家涉足于生命科学和生物技术领域研究的试剂、仪器和实验室消耗品与实验服务工作,主要从事细胞生物学、植物学、分子生物学、免疫学、生物化学、蛋白组学。生物制药与诊断试剂研发生产等领域。 本公司秉承“以人为本,以诚为信、合同守信”的经营理念。坚持"品质保障"的原则为广大客户提供优质产品。
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