系统发育树的美化~Figtree(图文教程) |
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前言
figtree是一款用于进化生物学的进化树作图软件,常用于进化树的美化,可以设置颜色、名称、样式等参数。官网如下: FigTree 进入figtree的官网后,点击下图箭头标注的地方 然后跳转到另一个页面,下载安装包后,正常流程安装软件 需要注意的一点是,figtree需要在java环境下才能安装使用 二、Figtree的使用打开软件后,页面如下,点击File→Open,打开自己的树文件,比如TREEFILE文件、Newick等,这些都是mega打不开的 这里改变树的形状 分别是节点选择,分支选择,物种文字选择。选择不同选项后再去点击进化树会选中相应的区域。 定义树根,也就是可以把自己的外类群单独分出来 调换分支顺序 改变分支颜色 改变分支区域颜色 改变树的宽窄、改变分支间距离 改变树根长短、改变转角弧度 选择物种标签是否对齐,但是是虚线对齐,很丑 选择分支线条粗细 改变梯子形状、分支长短。调整分支长度可以实线对齐 调整时间轴 调整物种名显示 节点的显示方法 分支标签的显示 打开树的CONTREE文件,选如下选项,可以显示出ML树的支持率 调整比例尺、调整比例尺基准 输出图像,就完成啦 |
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