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![]() MEGA进化树是一款功能强大的分子进化遗传分析软件。这里给对遗传学感兴趣的小伙伴带来MEGA进化树。它可以用于生物信息学实验分析进化树图使用,还可以用于分析来自物种和种群的DNA和蛋白质序列数据,可用于序列比对、进化树推断、估计分子进化速度、验证进化假说等,软件输入数据的格式比较简单,在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种,非常适合生物学家和科研人员轻松的进行进化分析和分子鉴定,喜欢的赶快来jz5u下载试试吧! MEGA进化树功能特点:1、【序列分析】 系统发育推论 型号选择 约会和时钟 祖传国家 选择和测试 序列比对 2、【统计方法】 最大似然 距离方法 普通最小二乘 最大的简约 复合似然 贝叶斯 3、【强大的视觉工具】 对齐/跟踪编辑器 树探索者 数据探索者 传奇发电机 基因复制向导 时间树向导 MEGA进化树 MEGA进化树使用教程:1、首先根据提示安装好软件之后,准备需要建树的序列,并将序列保存为fasta格式。 2、打开MEGA7,点击Align--Edit/built Alignment,选择Create a new alignment,点击ok。 3、打开刚刚保存下来的fasta序列。 4、点击Alignment –Align by ClustalW ,选择所有序列,出现下图,参数根据需求修改,在这我们就直接选择默认,点击ok。 5、比对完成后,点击Data –Phylogenetic Analysis,出现下图坐标箭头指向的两个按钮。 6、点击Phylogeny,有5个构建进化树的方法,一般选择MaximumLikehood(最大似然法)、Neighbor-Joining(邻接法)和Minimum-Evolution(最小进化法)方法,在此选择选择Neighbor-Joining(邻接法)建树。 7、在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 输入2000; Mode/Method 核酸选择Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列选择Poisson model; Rates among sites 选择Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 选择Compeledeletion, 点击Compute得到下面结果,根据自己的需求对树进行修饰。 |
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