点击Data中的Phylogenetic Analysis，然后返回主页面。

      运行界面如下，序列较多时，分析时间较长，闲的话可以去跑个PCR......

      点击Phylogeny构建进化树，有多种建树方法，适用情况自行摸索哈，此处选择NJ邻接法建树。

弹出设置窗口，没有什么要求时默认即可。

Test of Phylogeny（建树的检验方法），是用来检验建树的质量的。默认的检验方法是Bootstrp method （步长检验）。步长检验需要设定检验次数，通常为100的倍数，默认设置为500，通常1000次以上较为可靠，这里设置1000。

Model处选择上文计算好的JTT。

Gap/Missing Date Treatment，大多数建树方法会要求删除多序列比对中含有空位较多的列。但是根据遗传距离度量方法的不同，删除原则不同。如果是以序列间不同残基的个数来度量遗传距离的话，选择Complete deletion；如果其他方法例如NJ，可以选择Partial deletion，程度约50%。

噔噔噔~~进化树就出来啦！

首先出来的是Original Tree（原始树），是步长检验构建的 1000 株树中的一株，未经过多棵树合并，所以树枝的长短可以精确代表遗传距离，即进化的距离远近。

Bootstrap consensus tree（步长检验合并出来的树），只反映进化关系，树枝的长短与遗传距离无关。

节点处的数字表示，经步长检验有百分之几的树具有这根树枝，即，反应了该树枝的可信度。当前构建的这株系统发生树中，绝大多数节点处的数值都是≥70 的话，这株树整体上就是可信的。

如果觉得树太中规中矩，可对树的形状进行调整。

可以看出基因名字过长，是因为基因序列导出后，未对基因名做简化处理，大家可以将导出的fasta格式以文本文件打开，将多余字符删除，只保留想要信息即可；当然，忘了处理的，在序列导入MEGA后也可对基因名进行编辑，双击下图所示位置就可以啦！

View:可以更改枝的线条，字体样式等。

Image:输出图片。

Caption:单击后生成文献中该图的标题、备注说明，使用到的文献等，这个功能很好用，写文章会需要的。

最后记得将建树结果保存为.nwk格式，这个结果保存很重要哦，下次直接双击就可进入MEGA对其操作。

以上是对于进化树的简单构建，如果我们要做出好看的进化树的话，还是推荐使用TBtools或者如果有R语言基础的可以尝试ggtree。