“进化树+点状图”组合图的绘制 |
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“进化树+点状图”组合图的绘制
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在之前的3篇关于EvolView文章中已介绍过进化树的调整和注释，并重点介绍了进化树与条形图、热图、蛋白结构域的组合操作。这次为大家介绍另一种常见的组合图：进化树+点状图。
由于内容上有一定的关联，如果是初次接触EvolView小伙伴建议大家先看一下《进化树+条形图：“组合图”的绘制》的内容。 数据准备
点状图（Dot plots）是条形图（Barchart）的一种“变体”，条形图用“条”的“长短”展示数据，而，点状图用“点”的大小展示数据。因此，本文用到数据与《进化树+条形图：“组合图”的绘制》一文的数据完全一样。
这里的进化树用MEGA构建，将进化树导出为Newick格式，方法如下（已介绍过多次）。
另一个需要准备的是用来表示“点”大小的数据，每一个gene ID（或基因名称）对应所需展示的数据（用英文“逗号”隔开），不需要考虑gene ID聚类顺序，如下图。
首先，在Basic选项下，载入从MEGA中导出的Newick树，方法参见《进化树+条形图：“组合图”的绘制》，这里仍以之前的lianxi2工程文件为例（注册账号后工程文件可反复使用）。然后点DEMOS，点“✏“图标查看EvolView自带的点状图的示例文件。
我们然后“Ctrl+a”全选“注释文件”，如下图，“Ctrl+c”将“注释代码“复制到剪贴板，点Cancel按钮退出编辑，然后粘贴到记事本、Notepad等文本编器中进行编辑。
接下来需要根据自己的数据，在文本编辑器中更改示例的注释文件，我将需要改动的部分标记为绿色。为了方便大家使用，我在示例的“注释文件”的基础上由补充了一些参数。
Tips： 通过在句首添加/删除“#”号来控制相应参数是否有效来实现更丰富的个性化调整。“!”表示可执行的“参数”，“#”表示备注、注释不被执行。 ##dot plots ##设置列名称； !groups N-GD1,N-GD2,N-GD3,N-GD4 ## 设置“点”的颜色和点的轮廓颜色，冒号后的为轮廓颜色，这里仅执行上一句，不显示轮廓颜色； !colors #e09dc4,#cbe009,#e2cdb3,#ff7407 #!colors #e09dc4:blue,#cbe009:purple,#e2cdb3:green,#ff7407:gold ##设置轮廓默认颜色，这里不执行； #!defaultStrokeColor white ##设置轮廓粗细 !defaultStrokeWidth 2 ##设置图例的标题、形状、是否显示（0为不显示）； !title Log2(FPKM) !legendstyle circle !showLegends 1 ##设置数据与点的面积的对应关系； !byarea 1 ##是否显示参考线； #!grid 1 #!gridlabel 1 ##“点”的形状、大小设置； !dotplotsshape=circle,margin=2,colwidth=30 #!dotplots shape=rect,margin=2,colwidth=30,roundedcorner=3 ##“点”上是否显示数据、字体设置、隐藏数据范围设置； !showdataValue show=1,fontsize=10,fontitalic=0,textalign=start,fontcolor=white #!showdataValueshow=1,fontsize=10,fontitalic=0,textalign=start,valuesToHide=0:1 ##列标签的字体、加粗、角度设置； !columLabelStyleshow=1,fontsize=14,fontbold=1,textangle=-60 ##将准备的数据粘贴到这里： AKI70249.1 9,10,9,9 ARH02602.1 7,7,7,7 OWK14909.1 6,6,6,5 ASU47379.1 3,3,3,3 AEX20383.1 6,6,5,5 AAH84064.1 3,3,3,3 NP_776626.1 3,3,3,3 ……
接下来，在Annotation upload 选项下单击相应按钮（如下图）新建一个注释文件。
Name这里命名为dot plots，将刚才编辑的内容全选后复制的“代码”粘贴到data区，如下图。
然后点Submit按钮，即可完成“注释”，点“✏”图标，可对热图的注释文件进行反复编辑，进而达到精细调整，最后通过Export菜单（如下图）导出所需格式的图片。
这里导出PDF格式的矢量图，点击下载链接，在新的网页预览、下载pdf图片。
如果你还对图片不满意，可以用Adobe Illustrator或Adobe Acrobat中进一步编辑pdf文件。比如这里简单在Acrobat中框选图例的灰色部分，然后按Delete键删掉，然后选中图例部分做位置的移动。
最终的效果如下图：
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