系列目录

基于全基因组的基因家族分析（1）：数据准备

基于全基因组的基因家族分析（2）：SlNRAMP家族基因成员鉴定

基于全基因组的基因家族分析（3）：SlNRAMP家族基因CDS和Genomic DNA序列获取

继续之前还没有完成的内容。因为最近在学习Y叔的R包--ggtree，所以就顺便拿这个内容来进行展示，作为一个例子来记录。nwk树文件和R代码文件我已经放在github：https://github.com/Lxmic/ggtree_note

关于这个包，y叔已经写了相当详细的说明，有一个完整的电子书《Data Integration, Manipulation and Visualization of Phylogenetic Trees》。这个包是在Bioconductor上面，有非常详细的介绍，可以去查找相关的内容。

BiocManager::install("ggtree")#ggplot2安装install.packages("ggplot2")#载入两个包library(ggplot2)library(ggtree)

关于用什么算法以及什么软件来构建你自己需要的树，完全看个人的需要，y叔在电子文档《Data Integration, Manipulation and Visualization of Phylogenetic Trees》中有很详细的介绍各种树以及各种算法，有兴趣了解一下（反正我是看不太懂）。我就用最简单，最常用的方法来获得进化树——MEGA软件，可以输出newick格式的树，非常常用的进化树文件（我们需要保存其bootstrap值以及branch.length值）。