佐助出生在木叶村的名门宇智波一族，是族长宇智波富岳和宇智波美琴的次子。

和哥哥宇智波鼬关系亲密，两人经常一起玩乐、修行，每次鼬有事在身不能陪佐助时，鼬就会戳一下佐助的额头说：“对不起佐助，下一次再说吧”。却也因为活在哥哥的天才光环下，父亲对佐助要求严格，佐助自己也为了能够追上哥哥而勤奋努力，但即使如此还是和哥哥有差距，富岳经常因为鼬而忽视了佐助。在富岳教导佐助豪火球时只能吐出小团火焰，富岳有些失望的感慨果然不能像鼬那样立马就能学会，为了得到父亲的认可，努力练习豪火球，最后终于得到了父亲的赞赏。

某日，7岁的佐助夜晚回家时目睹了一族被灭门，以及父母倒在血泊中的惨状，而站在父母尸体旁的人，正是宇智波鼬，鼬坦言是自己将宇智波一族灭门，以测量自己的“容器”，同时鼬告诉佐助，要开启万花筒写轮眼就必须杀掉自己最重要的人，并告诉佐助如果有和自己一样能力的话再来找自己，刺激佐助成为复仇者。佐助也因为这巨大的痛苦开启了一勾玉写轮眼。

自此之后，佐助为了杀死鼬而不断努力，想要变强。在宇智波灭族事件后，鸣人与佐助，两个孤独的孩子开始互相关注起了彼此。

佐助以第一名的成绩毕业成为下忍，被分到了第七班，与鸣人、小樱成为队友，指导老师为木叶上忍，旗木卡卡西。佐助受女生欢迎的帅气外表和优秀的能力让鸣人对他产生了竞争心。

卡卡西以抢铃铛的演习来考验三人的团队合作，但三人一开始完全没有想过配合，佐助更是把鸣人和小樱当作累赘，鸣人和小樱先后失败，佐助虽然个人能力在三人中最优秀但也依旧无法从卡卡西手中抢到铃铛。由于鸣人表现最差被绑在圆木上不允许吃午饭，但佐助却主动打破规则，和小樱却趁着卡卡西不在把便当分给了鸣人，卡卡西突然出现，告诉三人测试合格，因为卡卡西的本意并非是考验个人实力，而是能否打破规则帮助同伴。

第七班在完成了一些例如抓猫、种田的D级任务后，终于接到了C级的护卫任务。护送对象是波之国的桥梁建筑师达兹纳。在前往波之国的途中遭遇了雾隐忍者鬼兄弟的袭击，由于初次实战，鸣人感到害怕受了伤，但佐助冷静对敌，表现良好，还借此嘲讽了一下鸣人，心有不甘的鸣人用苦无刺伤了中毒的手掌放出毒血，决定在后面的战斗一雪前耻，由于达兹纳谎报任务情况，也导致了任务的实际难度上升到了B级（有忍者作为对手的任务最低B级起步）。

后来第七班遭遇了雾隐村的“鬼人”，原雾隐暗杀部队和忍刀七人众的高手桃地再不斩的袭击，卡卡西被水牢术困住，佐助完全不敌再不斩，鸣人情急之下想出了计策，利用影分身和变化术的手里剑攻击本体解除水牢的战术，佐助也心领神会，和鸣人一同救出了水牢中的卡卡西，卡卡西脱身后击败了再不斩，但再不斩被一名突然出现的雾隐少年“杀死”，卡卡西也因为写轮眼的副作用而昏倒。

来到波之国后，卡卡西指导了三人修行如何控制查克拉，由于小樱查克拉控制能力出众，很早就结束了修行，鸣人在从小樱那里了解了诀窍后，和佐助一同竞争，最后两人都能爬上树顶。佐助等人前往大桥时遇到了卷土重来的再不斩，而佐助的对手则是再不斩的部下，拥有冰遁血继限界的白，经过修行的佐助跟上了白的速度令再不斩刮目相看，但白使出了魔镜冰晶令佐助陷入劣势，而匆忙赶来的鸣人一时鲁莽，也闯入了白的秘术中。

佐助在与白的战斗中，使用了写轮眼，不仅看穿了白的动作，还能掩护重伤的鸣人，白感到了棘手，准备攻击鸣人使佐助产生破绽，佐助明知白的意图，但还是下意识的冲到鸣人前面挡下了攻击，并受到重伤进入假死状态（白原本也没想杀人）。后来在与再不斩、白的战斗结束后，佐助也苏醒了过来。

第七班返回木叶又执行了一些琐碎的任务后，木叶准备举行中忍考试。鸣人、佐助及樱三人最终还是决定参加。期间小李前来向“天才”佐助挑战，佐助接受了挑战，本以为能够轻松获胜，但却因为小李的高速体术被打了个措手不及，就算用写轮眼也没法躲过小李的攻击，在小李准备最后一击时被迈特凯中止。在第一场考试的笔试中，佐助发现自己一题也不会，理解了考官话语中的漏洞，察觉到了第一场考试的真正意图是考验忍者的观察能力和情报收集能力，佐助在利用写轮眼的能力，复制了一名知道全部答案的考生的动作来答题，最后成功通过考试。

第二场考试开始，在死亡森林内与其他考生争夺用来晋级的卷轴。分头行动的佐助和小樱在汇合时遭到了假扮鸣人的大蛇丸的袭击。由于大蛇丸与佐助巨大的实力差距，迫于恐惧心理佐助决定将自己的卷轴交给大蛇丸以活命，但鸣人认为就算交出来也不能保证自己对方就不会动杀心，勇敢的与大蛇丸展开交战，爆发九尾的查克拉令众人刮目相看。佐助在鸣人的行动下重燃斗志，与大蛇丸展开战斗，并用“火遁·龙火之术”烧毁了大蛇丸用于伪装身份的脸部，大蛇丸出于对佐助天赋的赏识，在佐助身上留下了天之咒印，并告诉樱，佐助迟早会来找他获取力量。因为中咒印的缘故，佐助和鸣人一样失去知觉，樱在一旁照料。

在鸣人佐助昏迷时，被大蛇丸下令杀死佐助的音忍三人组出现，尽管有小李、井野、鹿丸和丁次的先后支援但局势仍然非常不利，就在宁次赶来准备参战时，佐助苏醒了，在咒印的力量下轻易的就战胜了萨克，并扭断了他的手臂，在小樱的阻止下佐助才恢复了正常，一旁的托斯出于惊恐，交出了自己的卷轴，带着两名重伤的队友撤退。三人继续考试的途中与落单的药师兜组队，击败了雨隐村的忍者后顺利到达终点。

参加预赛的佐助的对手是大蛇丸的部下赤铜铠，卡卡西告诫佐助不要使用咒印的力量，在战斗中佐助面对对手的查克拉吸收能力一时陷入劣势，佐助使出了从小李那里复制来的体术并加以改造使出了“狮子连弹”击败了对手，并依靠意志力阻止了咒印的蔓延，获得了比赛胜利。比赛过后，卡卡西封印了佐助身上的咒印以阻止它的发作。此时大蛇丸突然出现，告诉卡卡西，咒印的力量是无法被封印后离开。

在正赛前的一个月时间里，佐助找到卡卡西进行了修行，为了针对对手我爱罗学习了小李的高速体术，并学会了卡卡西自创的A级雷遁忍术“千鸟”。虽然在正式比赛的时候迟到，但佐助的高速移动让我爱罗陷入苦战，不得不用沙子将自己全身包围起来。佐助趁此机会首次使用千鸟，结果成功破解对手的绝对防御，并打伤了对手，延迟了我爱罗变身成一尾的时间。

而与此同时，木叶摧毁计划启动，药师兜使用了幻术催眠了会场大多数平民和下忍，作为计划核心的一尾人柱力我爱罗被佐助重伤延迟了变成尾兽化的时间不得不暂时逃离，佐助则负责追击我爱罗，面对逐渐一尾化的我爱罗，佐助再次使出了千鸟斩断了我爱罗的一只沙化手臂，但仍然无法击败对方，情急之下佐助在咒印的力量下使出了超越极限的千鸟再度重创了我爱罗，但自己因为咒印的副作用而体力不支，我爱罗准备向毫无防备的佐助发起攻击，被鸣人及时阻止，鸣人在一番苦战下击败了我爱罗。

佐助在前往医院看望卡卡西时得知了鼬回到了木叶将卡卡西击败，而且目标是抓住鸣人后，立即动身前去寻找跟着自来也离开木叶修行的鸣人。在见到鼬后，佐助难以压制心中的愤怒和憎恨，使出了千鸟向鼬进行全力一击，但却被鼬徒手轻易破解并被扭断了手臂。佐助不希望鸣人和自来也出手，独自继续向鼬发起挑战，但鼬却表示自己对现在的佐助并无兴趣，毫不留情的打伤了佐助，并对佐助使用月读，反复强调佐助力量不够。佐助事后由于精神崩溃一直昏迷，直到三忍之一的纲手回到木叶为其治疗才恢复了意识。

由于了解到自己与鼬过于巨大的差距，以及鸣人突飞猛进的成长，这使得佐助感到了前所未有的焦躁。醒来后的佐助与鸣人在天台展开了一场对决，虽然在关键时刻被卡卡西阻止，但佐助看到了鸣人的螺旋丸的威力后，更加的焦躁不安，卡卡西在事后劝说佐助不要过于追求力量，但佐助根本听不进去。潜入木叶的音忍四人众找到佐助，告诉佐助大蛇丸会赐予他力量，为了变得更强，动身离开木叶。在木叶大门前遇到了小樱，尽管樱极力劝说佐助留下，并对佐助表白，希望能帮佐助变强，但佐助的内心却一直充满仇恨，身为复仇者的他没办法留在她身边。佐助只是温柔地说声“谢谢”，然后打晕了樱，离开村子。

在路上，佐助再次碰到音忍四人众。音忍给佐助提升咒印状态的药丸，吃下药丸进入假死状态的佐助被封印到特制的棺桶中，四人组带着棺桶前往大蛇丸的实验基地。木叶发现了佐助叛逃后，派出了鸣人等人组成的下忍组成队伍前往追击，最终鸣人在终结之谷追到了佐助。两人展开了对决，佐助由于咒印的缘故一开始占据上风，但咒印消退后加上鸣人爆发九尾查克拉，佐助又反过来被鸣人压制，佐助的写轮眼在战斗中成长为三勾玉，战况又立刻逆转，鸣人进入了尾兽外衣状态，佐助为了对抗鸣人也进化到咒印状态二，两人以螺旋丸和千鸟进行最后的对决，最后佐助略胜一筹，但是佐助并未杀死鸣人，因为他决定用自己的方式获得力量，而不是像鼬所希望的那样，为了开启万花筒写轮眼而杀害同伴。佐助离开了鸣人，来到大蛇丸身边。

在三年后，为了找到佐助的下落，鸣人、小樱、佐井和大和组成新第七班前往天地桥，在与药师兜和大蛇丸战斗后，佐井为了执行暗杀佐助的任务跟着大蛇丸返回据点，佐井见到了佐助，向佐助说了有关鸣人的事，却遭到佐助的敌视以写轮眼威慑。

后来佐井被鸣人打动，决定放弃自己在执行的任务，将佐助带回木叶，但在行动时遭到了佐助的抵抗，赶来的鸣人等人见到了佐助，面对鸣人和小樱的质问，佐助不为所动，并展现了令众人意外的实力迅速制服了鸣人、佐井和大和，甚至用写轮眼压制住了鸣人体内的九尾查克拉，佐助正准备动真格将众人击倒时，大蛇丸出现制止了佐助，兜也劝说让佐助留下第七班，更有利于歼灭晓组织和他对鼬的复仇，随后三人离去。

三年间佐助的实力突飞猛进，纵使一人与大量忍者战斗也能做到身上一尘不染，同时还留有所有人的性命，因为佐助真正想杀的只有鼬一人，连大蛇丸也感叹佐助的天赋，而佐助也感觉自己在大蛇丸那里已经学不到什么了，为了反抗大蛇丸，佐助在三年间也做了准备。趁着大蛇丸身体虚弱之时，佐助杀入了大蛇丸的房间，而大蛇丸也有抢夺佐助身体的打算，现出真身白磷大蛇与佐助对峙，佐助将大蛇斩杀，但大蛇丸的体液挥发使佐助行动麻痹，大蛇丸开始施展转生忍术将佐助拉进自己的精神空间，却反而被佐助使用写轮眼将其吞噬，佐助因此获得了大蛇丸的力量。

击败大蛇丸后佐助将被关押的拥有水化秘术的鬼灯水月释放了出来，并与水月来到波之国，让水月拿走了再不斩的斩首大刀作为武器。随后两人又来到大蛇丸据点的南方秘所，说服了拥有感知和治愈能力，并且对佐助有恋慕之心的香燐入伙。最后三人来到北秘所，希望找到咒印的源头重吾，由于重吾具有特殊体质和双重人格，平时个性温和，但一旦咒印暴走就会止不住杀意开始杀人，曾经只有君麻吕可以制止他，君麻吕死后他就将自己关进北秘所深处。佐助见到了重吾并无伤制止了他，佐助成为了第二个能够制止他的人，重吾为了知道君麻吕不惜牺牲生命抓来的佐助究竟是个什么样的人而决定加入。四人小队结成，佐助将小队起名为蛇小队，目的是要杀死鼬，整个世界都将因“蛇”的出现而发生变化。与此同时木叶方面也得知了大蛇丸的死讯，为了追回佐助，他们也将目标定为宇智波鼬。

佐助和水月、重吾、香燐分开行动寻找鼬的下落，佐助在行动时遭遇了晓组织的迪达拉和面具男阿飞，佐助希望能从他们身上获得情报，而迪达拉过去曾败于宇智波鼬手下，二因佐助杀死了本该由自己干掉的大蛇丸，而对佐助十分不满，主动挑起战斗。这场战斗中，佐助利用写轮眼的洞察能力，以及雷遁克制土遁的有利性，纵使迪达拉使尽浑身解数，也还是打成了两败俱伤，佐助为了获得情报，没有杀死迪达拉的想法，但由于迪达拉不爽佐助那和鼬一样，漠视自己艺术的眼神，一怒之下，使出了自爆想要与佐助同归于尽，危机关头佐助召唤了万蛇，用写轮眼操控万蛇为自己抵挡爆炸，才幸免于难，万蛇因此伤重死去，佐助也身受重伤，但好在吸收了大蛇丸，恢复能力剧增，短暂休息后再次出动。

佐助在鼬的分身的指引下，来到了宇智波一族以前的根据地来做个了断，正式开战前两人以幻术进行交锋，在战斗中，两人进行着交谈，佐助得知了当年协助鼬一起复仇的人是木叶村创始人之一的“宇智波斑”，他仍然还活着，鼬告知了佐助关于宇智波以前的历史，以及永恒万花筒写轮眼的开眼条件，就是移植亲兄弟的眼睛得到永恒的光明，而佐助正是自己获得永恒光明的配件，对话结束后，两人正式开战。

在激战中，佐助充分展现了自己三年来的成长，数次攻击都伤到了鼬，甚至先后破解了鼬的万花筒写轮眼瞳术“月读”和“天照”，佐助的查克拉也几乎耗尽，但此前的行动都是为了施展杀手锏的伏笔，利用天照产生的高温和自己对天空施展的火遁，佐助聚集了雷云形成自然的雷电，施展了S级雷遁忍术“麒麟”，这一击的威力大到一击将根据地破坏，佐助也确信这一击终于能够将鼬杀死，但鼬却使出了万花筒写轮眼的第三种力量“须佐能乎”抵挡住了麒麟的攻击得以存活，而大蛇丸趁着佐助虚弱之时从佐助体内出现，以八岐大蛇之术的形态与鼬对峙，企图占据佐助的身体，但却被鼬使用灵器“十拳剑”将其封印，连带着佐助身上的咒印一起被鼬吸收并封印，佐助已经精疲力尽，连维持写轮眼的查克拉都没有，只能用起爆符和草薙剑做着无谓的抵抗，但均被鼬的另一件灵器“八咫镜”所抵挡，面对已经堪称无敌的鼬，佐助无力的倚靠着墙面，惊慌的看着要来夺取自己眼睛的鼬，最后，鼬微笑着在佐助的额头前轻轻点了一下，说道：“原谅我，佐助，这是最后一次了。”随后，倒在了佐助的身旁，须佐能乎消散，鼬的生命终结，天照的黑炎烧死了大蛇丸分离出来的小蛇，天空下起大雨，佐助露出笑容，以相反的方向倒在了鼬的身旁。

决战结束后，面具男简单医治了佐助，面对醒来的佐助，他露出写轮眼对佐助宣称自己是宇智波斑，而佐助的写轮眼也随之开启，对面具男发动了天照，但被面具男设法化解。面具男告诉佐助这是鼬为了防止自己接近佐助设下的保险，接着，他告诉了佐助有关宇智波一族与千手一族的恩怨，以及鼬灭族的真相，佐助这才得知鼬与自己战斗时的各种奇怪的行为，原来鼬是为了守护村子的和平，接下了屠杀企图政变挑起战争的宇智波一族的任务，并留下了佐助这个自己无论如何也不忍杀死的最爱的弟弟。而鼬在与佐助战斗时也身患绝症时日无多，为了帮佐助摆脱大蛇丸的束缚以及帮佐助开启万花筒写轮眼，整场对决都是在他的预料和计划下进行的，只是为了死在佐助手上，让佐助成为英雄回到村子。而佐助得知了鼬的真相后，回忆起过去与鼬的点点滴滴，察觉到这一切都是真实，在极度的愤怒与悲伤中佐助开启了万花筒写轮眼，他并没有像鼬期望的那样回到木叶，而是决定毁灭木叶，杀死所有木叶高层，并将小队更名为“鹰”，与晓组织达成了合作关系。

佐助率领的“鹰”与“面具男”所率的“晓”暂时联手，作为条件，“鹰”为“晓”捕捉身处雷之国的八尾人柱力奇拉比。

在云雷峡，奇拉比轻易就战胜了水月和重吾，佐助决定亲自动手，但由于奇拉比出奇强大的实力而屡屡受创，最擅长的雷遁忍术也对奇拉比收效甚微，即使三人联手也占不到便宜。在奇拉比猛烈的攻势下，佐助使用了万花筒写轮眼的幻术制止了奇拉比的行动，但奇拉比是能够完全控制尾兽力量的完美人柱力，通常的幻术对他都没有效果，奇拉比马上醒来并进行反击将佐助打至濒死，靠着重吾分给了部分肉体才得以修补身体，面对尾兽化的奇拉比，鹰小队成员节节败退，看着伙伴们为了保护自己而拼尽全力的样子，佐助回想起了第七班，百感交集之下，佐助觉醒了万花筒写轮眼的瞳术“天照”重创了奇拉比，一条沾染黑炎的尾巴眼看着就要打到香燐，佐助赶紧用千鸟锐枪将其切断，但香燐仍被黑炎烧到，情急之下，佐助为了救香燐，又觉醒了万花筒瞳术“炎遁·加具土命”消除了香燐的黑炎，佐助成功带回了奇拉比（其实是奇拉比用一条触手制造的替身，真正的奇拉比利用断掉的触手逃离）。

此举惊动了奇拉比的义兄，第四代雷影——艾。

在鼬死后，一次佐助和面具男在酒馆停留时，听到了数名木叶忍者对于鼬的侮辱，佐助为鼬为了村子所付出的牺牲而不值，对木叶的愤怒和憎恨进一步加深，内心开始被黑暗驱使，他开始决定要把木叶村的人杀光。

佐助率领鹰小队准备前往摧毁木叶，但被面具男告知，木叶已经在与佩恩的战斗中遭受重创，第五代火影纲手因为消耗过大而昏迷，于是佐助转变目标，准备前往铁之国的五影会谈，刺杀代理火影志村团藏。

鹰小队在绝的带领下成功潜入会场，但在五影会谈的过程中绝突然出现在会场中心出卖了佐助，以为弟弟比因佐助而死的雷影立刻动身寻找佐助。佐助因行踪暴露，一改往日不杀的作风，对铁之国的武士毫不留情，查克拉的质感被拥有感知能力的香燐评价为“阴冷、黑暗”。雷影等人找到佐助后遂与其开战，雷影的实力十分强大，佐助在激战中使出须佐能乎迎敌，在须佐能乎上覆盖天照作为防御，但被雷影的舍身攻击重创，雷影企图再进行一次舍身攻击杀死佐助，佐助又使出“炎遁·加具土命”将黑炎化为利刃进行反击，但双方的交战被我爱罗用沙子制止，雷影因天照失去一臂。我爱罗企图劝说佐助回到光明，但复仇心切的佐助根本听不进去，于是双方展开交战，佐助的黑炎无法攻破我爱罗的绝对防御，勘九郎、手鞠和达鲁伊也前来支援，四人一同对佐助发动攻击，佐助使出了更强的须佐能乎全部抵挡了下来，并斩断了大厅的柱子，趁着崩塌之际佐助救出了香燐，让香燐搜寻团藏的位置。

佐助马上入侵了会场，铁之国武士首领三船迅速对佐助发起了攻击，但被佐助挡下，团藏也趁乱逃走，正当佐助想要追击时，遭到了第五代水影照美冥一行的阻拦，由于在与雷影的战斗中身受重伤加上须佐能乎的反噬，佐助眼看就要战败，但事先在会场的人体内设下孢子的白绝将所有人束缚住，并为佐助回复了查克拉，这时第三代土影大野木出手，以尘遁向佐助发起攻击，但危机关头被面具男救下，面具男将佐助和香燐丢进时空间疗伤。

随后面具男来到了逃离会场的团藏面前，解决了团藏的两名护卫后，将佐助和香燐从时空间放出来，佐助与团藏展开了战斗。佐助质问团藏关于鼬的真相，在团藏说出真相、称鼬为木叶叛徒后彻底怒火爆发，用须佐能乎将团藏捏碎，但团藏却毫发无损的出现在佐助身后，两人继续对峙，佐助使用须佐能乎、天照和幻术以及直接攻击，但每一次团藏都在被击中后毫无发损的再次出现到其他地方，团藏甚至用咒印术一度束缚住佐助，佐助在仇恨下须佐能乎进一步进化，团藏来不及结印，不得已使用木遁避开了致命的攻击，一旁观战的面具男，说出了团藏不死的秘密，其正是宇智波一族的禁术“伊邪那岐”，以牺牲一只写轮眼的光明为代价，改写现实，由于使用次数有限，团藏在使用时都会进行确认手臂上移植的写轮眼还剩多少，佐助留意到了这个细节，使用幻术让伊邪那岐早已用完的团藏误以为还有一次伊邪那岐，和佐助近战互角，双方两败俱伤。

濒死的团藏不甘落败，挟持香燐做人质，但已经杀红眼的佐助使用千鸟锐枪，连同香燐一起贯穿了两人。苟延残喘的团藏最后发动“里四象封印”，试图将面具男和佐助一同封印，但最终也未能成功。

团藏死后，面具男将团藏的尸体带走，让佐助自己处理香燐的事情，面对奄奄一息的香燐，佐助本准备下杀手，但小樱这时赶来，表示自己要跟随佐助（实际上小樱的目的是刺杀佐助），而佐助让小樱杀掉香燐以表决心，小樱犹豫了，而佐助抓住小樱犹豫的空隙准备对小樱痛下杀手，被卡卡西及时制止，卡卡西试图劝说佐助未果，于是狠下心来决定亲手杀掉佐助，两人短暂交战，佐助须佐能乎的攻击被卡卡西使用神威化解，佐助在与卡卡西的对话中，愤怒被进一步激化，但因为万花筒写轮眼使用过度，视力急剧下降，小樱趁着这个空隙来到佐助身后用苦无对准佐助，但还是不忍心下手，佐助马上抓住了小樱企图将其杀死，卡卡西因为万花筒副作用行动不便无法赶到，危机关头，鸣人出现救下了小樱。

鸣人想要劝导佐助，但不被佐助接受，两人再度交战，以螺旋丸对决千鸟，双方不分胜负，鸣人对佐助表示他不再阻止他复仇，但前提是由他来当佐助的第一个目标。佐助说了句“那么就先从你开始杀吧”，和面具男一起用时空间忍术离去。原本不准备移植鼬眼睛的佐助，决定听从面具男的建议，移植鼬的眼睛，开启永恒万花筒，来否定鸣人。

移植鼬的眼睛后，五影会谈结束后直至第四次忍界大战，佐助在休养融合瞳力，而佐助被面具男作为战争胜利的筹码与药师兜展开合作。在战争发展到白热化阶段时，瞳力融合完成的佐助开启了永恒万花筒，杀死了负责监视他的白绝本体，决定前往战场与鸣人厮杀。但在途中遇到了前去寻找兜的秽土转生的鼬，佐助有许多问题想要问鼬，而鼬一心想要解除兜的秽土转生，并答应佐助一切结束后就会告诉佐助真相，兄弟二人联手，以活捉药师兜为目的展开战斗，兄弟二人在战斗中互相配合，找回了尘封已久的默契。

面对掌握了蛇仙人模式，阻断了视觉、移植了大蛇丸及其许多实验体力量的兜，兄弟二人一度感到非常棘手，鼬使出了宇智波一族与“伊邪那岐”对应的另一个禁术“伊邪那美”，使兜陷入了幻术的无尽轮回中，并控制兜解除了秽土转生，鼬在灵魂即将解放之际，用幻术将真相全部告诉了佐助，在临别前承认自己因为不相信佐助的力量与意志，而导致佐助离开木叶等行为。但这次，鼬选择相信佐助，认为他也许能改变一族。最终鼬对佐助说：“无论将来你选择什么样的道路，我都一直深爱着你。”

鼬的灵魂升天，佐助因为鼬的话语，开始重新思考，何为一族、何为村子、何为忍者，这时水月和重吾带着两人在大蛇丸的据点无意间发现的卷轴找到佐助，佐助翻看卷轴后想要找到“知晓一切的人”来解答自己的疑惑，佐助利用药师兜移植了大蛇丸力量的部分肉体与昏迷的御手洗红豆身上的咒印进行呼应，使用了解邪法印将大蛇丸复活，然后带着水月、重吾与大蛇丸一起出发前往木叶村寻找答案。

大蛇丸和鹰小队的成员此时抵达了夜深人静、大部分兵力都投入战争的木叶，大蛇丸找到了漩涡一族收纳的死神面具，来到宇智波一族的地下室，施术将被尸鬼封尽封印的灵魂解放出来，让重吾向佐助体内注入仙术查克拉使带土设置在佐助体内用于监视的5只白绝脱离出来，并利用其中1只作为转生的新容器，剩下的4只作为秽土转生的活祭品，召唤了前四代的火影们。佐助想要了解一切的真相和因果，从猿飞日斩那里确认了鼬的真相，从千手扉间那里了解到宇智波一族的本质，又从千手柱间那里得知了关于忍者家族的历史，木叶的创立和柱间的感悟后，深思熟虑的佐助决定守护木叶，在与逃狱的香燐会和后，佐助向香燐道歉，然后大蛇丸、鹰小队以及四位火影开始前往战场。

在与斑和带土的对抗中，鸣人等人陷入劣势，正当十尾对联军发射了超大型尾兽玉时，秽土转生的波风水门及时赶到，将尾兽玉转移到了战场附近的海上，随后其他火影以及佐助等人也接连赶来，四位火影使出了“四赤阳阵”以及柱间使出了“明神门”控制住十尾的行动，佐助坦言自己要成为火影的言论令同期的伙伴们一时间无比震惊。由于千手柱间们的支援，第七班三人再次集结，联军士气大涨，奋力对抗十尾从体内分化出的增殖体，在鸣人和佐助的联手下，使出了风遁和炎遁的结合重创了十尾，佐助企图用黑炎将十尾完全毁灭，但十尾很快就将被天照烧的部分从身体上分离了出去。眼看着胜利在望，带土从异空间返回，将十尾吸收并成为了十尾人柱力。

鸣人和佐助为了对抗带土使出“灼遁·光轮疾风”，在扉间和水门的配合下击中带土，却没有任何作用。面对能够使所有忍术无效，几乎无敌的带土，众人一筹莫展，而鸣人和扉间却注意到带土的求道玉无法消除仙术攻击，看着熟练掌握九尾查克拉和仙人模式的鸣人，佐助内心有一丝不甘。为了发动无限月读，带土召唤了神树，使得忍者联军再次受创，鸣人也遭受到打击，但佐助使用须佐能乎斩断了神树树枝，鸣人也重新燃起斗志，和佐助并肩作战，佐助靠着重吾的咒印赋予的仙术查克拉，使须佐能乎的攻击有了仙术的性质，得以与带土对峙，但即使以力量对抗也仍旧不敌强大的带土，两人又合力使出“威装·须佐能乎”，九尾覆盖须佐能乎的铠甲，在伙伴们的帮助下，带土遭受重创。尾兽们被从带土体内救出。

由于带土已败，眼下的敌人只有秽土转生的宇智波斑，但斑利用黑绝控制了想要使用轮回天生复活忍者联军的带土，将施术对象变为自己，正式复活，佐助认为恢复活人之躯的他可以被杀死而冲上前去与斑战斗，斑感觉到佐助的万花筒写轮眼是与自己相同的直勾玉，试图劝诱佐助与自己联手，但被佐助拒绝，鸣人和佐井也赶来围攻斑，斑使用“火遁·尘隐之术”逃脱，并拿回了一只轮回眼，使用轮回眼的力量迅速捕捉了九只尾兽，准备成为十尾人柱力。千手柱间在佐助前去偷袭斑之前，传授了佐助可以与斑体内的仙术查克拉相呼应束缚其行动的术，柱间认为佐助和斑的弟弟泉奈很像，或许有办法阻止斑，但斑却丝毫不顾及同族之情刺穿了佐助的心脏，佐助濒死。

濒死的佐助在被伊邪那美洗白的兜和千手扉间的帮助下维持住了生命。佐助在精神世界里，遇到了被称为“六道仙人”的大筒木羽衣，从六道仙人那儿佐助知道了一切的起源，得知自己是六道仙人长子因陀罗的转世。鸣人和佐助两人在选择了各自的道路后，接受了六道仙人的力量。苏醒后的佐助开启了六勾玉轮回眼，并获得了用于封印辉夜的阴之力术式，在拔掉扉间身上的黑棒后，扉间将佐助送到战场，再次与鸣人并肩作战与成为十尾人柱力的斑进行对抗。

由于获得六道之力，鸣人和佐助的实力已经今非昔比，令斑感到棘手，斑同时发动了“轮墓·边狱”和“天涯流星”攻击第七班，鸣人和佐助使出能力一一对抗，但这其实只是斑为了发动无限月读而采取的佯攻。趁鸣佐二人被拖住之际，斑飞向月面，额头开启了“轮回写轮眼”，无限月读正式发动。无限月读的光芒照耀着世界每一个角落，即使被物体遮挡也会被月光穿透，全世界几乎所有人、动物都陷入了幻术之中，斑又发动了“神·树界降诞”，将所有陷入幻术中的人们包裹了起来。

而鸣人、小樱和卡卡西在拥有轮回眼的佐助的须佐能乎的保护下，免收无限月读的控制，秽土的四位火影也因为是死人的缘故不受影响。

无限月读成功发动，斑准备回到地面继续与第七班战斗，却遭到了黑绝的背叛，被黑绝贯穿了身体，而震惊的斑也得知了自己其实被黑绝所利用的现实，并且黑绝其实是辉夜的意识而非斑的意识。黑绝利用斑的身体和自己融为一体，复活了查克拉之祖——大筒木辉夜，失去利用价值的带土也被黑绝排出。复活的辉夜要消灭众人，夺回所有的查克拉，将第七班和带土转移到了熔岩空间之中，由于变化之突然，佐助赶紧通灵出老鹰救下了下坠打的鸣人，佐助表示救鸣人是因为与其合力才能封印辉夜，而救卡卡西和樱只是顺便的行为，鸣人则说出过去佐助舍身为他挡住白的攻击一事，暗示佐助救他们其实出于内心本能。鸣佐二人联手对抗辉夜，期间又从黑绝那里得知了辉夜的过去，以及关于因陀罗和阿修罗，还有篡改石碑以及孕育出来的忍者的历史，其实都是为了复活辉夜的计划。

在转战冰空间后，鸣佐二人的实力让辉夜感到麻烦，为了更效率的击败两人，辉夜将佐助拖进了沙漠空间，并和黑绝一同对抗剩下的人，鸣人使出多重影分身对抗辉夜拖延时间，并为奄奄一息的带土注入了阳之力以延长其生命，醒来的带土了解到战况后，发现了辉夜所使用的时空间忍术与自己的神威类似，可以通过神威来进入辉夜的空间，带土、小樱和鸣人的影分身为了给带土提供查克拉使用神威跟随着带土寻找佐助所在的空间，消耗了大量查克拉后，带土和小樱终于找到佐助，三人离开了神威空间来到战场。

辉夜想要一口气消灭掉鸣佐二人，将战场转化为超重力空间，位于其中的人受重力影响一时间无法移动，辉夜对鸣佐二人使用了必杀之术“共杀灰骨”，眼看着两人即将殒命，带土和卡卡西冲上前来，最终带土为了救下鸣人、佐助和卡卡西而牺牲，佐助在恢复瞳力后立刻行动与辉夜对峙，同时带土的逝去和托付，也激发了鸣人的斗志。而卡卡西在带土灵魂的依附下，以双眼的万花筒写轮眼参与战斗，第七班集结，与辉夜展开最终决战，在卡卡西的指挥和四人的完美配合下，终于成功对辉夜使用了“六道·地爆天星”将辉夜和黑绝彻底封印。

辉夜被封印后，大筒木羽衣召来历代已故四影的灵魂合力施术，召回了位于始球空间的第七班、尾兽和濒死的斑。在一切即将落幕时，鸣人与佐助在羽衣面前，道出各自不同的选择，佐助提出革命，要处刑现任五影，由自己掌管九只尾兽，废除现有的制度并创建新的制度，来统一忍者世界，鸣人则表示不会让佐助如愿，两人来到了终结之谷，开战前，佐助阐述了自己的想法，否认了鸣人理想化的想法，决定孤身一人背负所有的憎恨，成为全世界的公敌以达成世界的统一和和平，为了成为真正的孤身一人，佐助决定斩断自己唯一的羁绊，杀死鸣人。

激战中，两人的力量势均力敌，佐助甚至以须佐能乎作为容器固定了九只尾兽的查克拉与鸣人战斗，两人各自使出了最强的招式在空中引发了毁天灭地的大爆炸，即使力量耗尽两人也一直战斗至黄昏，最终以螺旋丸和千鸟进行了最后的交锋，两人没有分出胜负，各自的惯用手在爆炸中被摧毁。

精疲力尽的佐助不解的质问着鸣人为何要为自己做到这种地步，鸣人则告诉佐助自己早已将他视为朋友，所以无论如何都会分担他的痛苦，阻止他身陷黑暗。佐助回忆自己和鸣人邂逅的点点滴滴，最后笑着承认鸣人才是这场对决里真正的赢家，两人虽然失去了一只手臂，但血液却汇聚到一起如同“和解之印”，而大战中被摧毁的柱间与斑的雕像也成了和解之印状，阿修罗和因陀罗的恩怨也就此了结，从此之后不会再出现转世者。

樱和卡卡西抵达终末之谷，为重伤倒地的二人疗伤。佐助首次坦然接受内心感情，为之前所犯下的错误向樱道歉，并与鸣人一同解开了无限月读，救出了深陷幻术中的人们。

返回村里休养直至康复后，佐助告知卡卡西和樱他即将再度启程，远行他方看一看曾经因为自己被仇恨蒙蔽了双眼而错过的人和事。佐助婉拒了樱希望与之同行的请求，并答应自己会再度归来。才离村没多久，鸣人出现在佐助的面前，把当初被自己用螺旋丸划过的木叶护额还给佐助。佐助收下护额，承诺履行忍者的职责，两人就此告别。

若干年后，佐助与小樱结为夫妻，育有一女宇智波佐良娜。（虽然佐助没能成为火影，但他的女儿宇智波佐良娜可是宣称要成为火影的女人。所以下一代火影绝对是慕留人了吧）

成年后的佐助是一位不佩戴护额的独立忍者，但在五大隐村中有着较高的地位。为了进一步调查辉夜之迷，佐助长期在外，自女儿懂事后便没回过家，这也引起了女儿的不满。

（待补充）

为了提防未知的敌人，独自一人调查辉夜的空间。调查时与桃式、金式起冲突，最后全身而退。

当慕留人请求成为自己的徒弟时，发现慕留人和小时候的鸣人的个性很像，所以向慕留人提出成为自己的徒弟的条件：学会螺旋丸。当慕留人学会螺旋丸后，收了慕留人为徒弟。

在鸣人被桃式抓后，教导慕留人忍者是何物。打败桃式和救出鸣人后，把忍者护额送给慕留人，作为成为自己的徒弟的象征。只有拥有轮回眼的自己和打败桃式的慕留人知道桃式对慕留人的对话。

为了保护被浦式追击的守鹤，和五代风影我爱罗与浦式战斗，后被浦式传送至异空间慕留人的锅但成功逃离异空间。浦式正准备要杀死慕留人和新木时，及时赶到阻止浦式的攻击。最后浦式逃走。

和慕留人追击浦式而被Karasuki穿越到过去。

穿越到过去后，为了不能干扰过去而隐藏身份和不能使用瞳术，避免被其他人注意和影响未来。

和慕留人、鸣人、自来也一起成功打败抓补鸣人体内的九尾的浦式。

为了确认不影响未来，清除了每个人与自己和慕留人有关系的记忆。使用Karasuki回到原本的时间后，Karasuki自己消失了。之后继续调查辉夜的空间。

从证城寺的情报中得知壳组织的存在。

穿越到未知的空间，调查后得知大筒木是以二人一组为行动。当感到一式穿越时，自己躲起来，后来发现一式有十尾。

阿紫鸣人与一式在异空间战斗时支援鸣人。即使二对一，但还是不敌一式，结果鸣人被一式封印；自己受重伤暂时撤退。鸣人被救出后，自己也已经被接受治疗。

后续于一式再次来到木叶后与之进行战斗，与鸣人被慕留人透过楔传送至异空间，并与一式展开战斗。

在川木等人成功解决一式后，左眼遭到被桃式夺取意识的慕留人使用苦无攻击。