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1写在前面 本期我们先做个名词解释吧:👇 转录因子(Transcription factor, TF)是指能够结合在某个基因上游特异DNA序列上的蛋白质,这些蛋白质能调控其基因的转录。😘 我们常用的转录因子数据库有很多,以后我们会专门出一期介绍一下常用的数据库有哪些。🤗 今天我们介绍一下刚刚更新的AnimalTFDB v4.0,地址如下:👇 📍 http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB4/?#/ 2AnimalTFDB v4.0 概述AnimalTFDB一直是我最喜欢的转录因子数据库之一,非常全面,包括183个物种的全基因组转录因子和转录辅助因子(transcription cofactors)的分类和注释。 本次更新后,AnimalTFDB共有27万个TFs,根据它们的DNA结合域(DNA-binding domain,DBD)被进一步分为73个家族和6个类别。🤩 同时,还有15万个辅助因子被分为82个家族和6个类别。🥳 🌟 检索了一下之前的几个版本, 最早是在2012年发布,到2022年更新到了v4.0,均是发表在Nucleic Acids Res.上,可见一斑啊,请左右滑动查看:👇 3AnimalTFDB v4.0 更新亮点本次更新的亮点如下: 较AnimalTFDB 3.0新增86个物种各种人类癌症和其他疾病中TF基因的变异(包括突变)可预测8个物种的TF翻译后修饰位点(包括磷酸化、乙酰化、甲基化和泛素化位点)TF在自噬中的调节作用38个物种的全面TF表达注释精确和批量搜索功能4AnimalTFDB v4.0 的Workflow一张图总结AnimalTFDB v4.0 的Workflow: 👇 Screen Shot 2022-11-02 at 11.58.29 5获取转录因子/辅助因子列表在AnimalTFDB v4.0中,我们可以通过两种方式获取转录因子/辅助因子的list,分别是通过TF Family和TF Species。🔍 5.1 通过TF Family获取List1️⃣ 首先点击TF Family。 2️⃣ 这个时候你就可以按照你的需要以Family为单位选择 转录因子/辅助因子的list啦。😂 3️⃣ 举个栗子🌰 这里以RFX为例,选择了RFX后,会跳转至以下界面,包括该TF Family的介绍、在不同物种中的个数。🥳 4️⃣ 接着我们可以选择需要的物种,跳转至该家族的具体信息。🤗 5.2 通过TF Species获取List1️⃣ 首先点击TF Species。🧐 2️⃣ 点进去以后按照物种选择list吧。🤒 3️⃣ 举个栗子🌰 这里我们以人为例,点进去之后可以看到各种TF Family的信息。🤩 4️⃣ 接着选择需要的TF famly,跳转至该家族的具体信息。🤗 以TF_bZIP为例,大家可以在这里下载aln格式的序列文件。(如果大家需要处理aln文件的教程,欢迎留言,需要的人多会再出教程)📍 6下载相关信息1️⃣ 点击Download后就可以下载你需要的信息啦。🤨 2️⃣ 大家可以按需下载相关文件,下载后是.txt格式的文件,当然序列会是.fasta格式的。😂 我的个人习惯是将常用的数据本地化,存储成.rds的文件,方便操作。🤜 7引用数据库😉🌟 如何引用:👇 Shen WK, Chen SY, Gan ZQ, et al. AnimalTFDB 4.0: a comprehensive animal transcription factor database updated with variation and expression annotations [published online ahead of print, 2022 Oct 21]. Nucleic Acids Res. 2022;gkac907. doi:10.1093/nar/gkac907 最后祝大家早日不卷!~ |
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