用于结合磁珠并偶联转座酶的DNA接头、磁珠及DOT

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用于结合磁珠并偶联转座酶的DNA接头、磁珠及DOT

2024-03-09 07:04| 来源: 网络整理| 查看: 265

1.一种用于结合磁珠并偶联转座酶的DNA接头,所述接头为U形接头,接头的中间序列为寡聚单链核苷酸,且被修饰,以连接到磁珠上,寡聚单链核苷酸的两端分别带有双链Tn5识别序列, 两端Tn5识别序列后面分别连接illumina测序文库结构的P5序列及P7序列。2.根据权利要求1所述的DNA接头,其特征在于:U形接头中间的寡聚单链核苷酸被生物素修饰、氨基修饰或者Arcydite修饰。3.根据权利要求2所述的DNA接头,其特征在于: U形接头中间的寡聚单链核苷酸长度为8‑32 nt。4.根据权利要求1或2所述的DNA接头,其特征在于:所述U形接头的序列为:[Phos]CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGC  CCACGAGACT…T[Int  NH2  C6  dT]T…TC GTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGA CAG,其中U形接头中间的寡聚单链核苷酸长度为8‑32 nt。5.根据权利要求1或2所述的DNA接头,其特征在于:所述U形接头的序列为:[Phos]CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGC  CCACGAGACT…T[Int  Biotin  dT]T…TC GTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGA CAG,其中U形接头中间的寡聚单链核苷酸长度为8‑32nt。6.一种用于偶联转座酶的磁珠,包括磁珠,以及结合在磁珠上的权利要求1‑5中任一项所述的DNA接头。7.根据权利要求6所述磁珠,其特征在于:所述磁珠为链霉亲和素磁珠、羧基磁珠或者聚丙烯酰胺包被磁珠;当磁珠为链霉亲和素磁珠,DNA接头为生物素修饰;当磁珠为羧基磁珠,DNA接头为氨基修饰;当磁珠为聚丙烯酰胺包被磁珠时,DNA接头为Arcydite修饰。8.一种DOT‑seq方法,其步骤包括:(1)磁珠与退火的DNA接头偶联,获得偶联接头的磁珠,其中DNA接头为权利要求1‑5中任一项所述的DNA接头;(2)步骤(1)获得偶联接头的磁珠与转座酶Tn5孵育结合,得到转座酶偶联磁珠复合物;(3)步骤(2)获得的转座酶偶联磁珠复合物与DNA样本结合并片段化;(4)终止转座酶的片段化反应,进行文库扩增,DNA回收。9.根据权利要求8所述的DOT‑seq方法,其特征在于:当步骤(1)中的磁珠为羧基磁珠,DNA接头为氨基修饰时,步骤(1)中加入激活剂以完成偶联,激活剂为吗啉乙磺酸(MES)、N ,N‑二甲基乙酰胺(DMAC)、N‑羟基琥珀酰亚胺(NHS)、1‑乙基‑(3‑二甲基氨基丙基)碳二亚胺盐酸盐(EDC)中的一种或数种。10.根据权利要求8所述的DOT‑seq方法,其特征在于:步骤(3)中还需要加入增强剂,所述增强剂为聚乙二醇、聚蔗糖、聚丙二醇、聚乙烯亚胺中的一种或数种。



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