对于许多成人或青少年，进行性别认定激素治疗，有时进行性别确认手术（乳房、生殖器或面部手术）

有时进行其他治疗（例如，声音疗法或电解法）

青少年和成人心理治疗通常有助于解决任何共存的精神健康问题或性别转换相关问题，但不是强制性的

据世界跨性别者健康专业协会称，跨性别者性别焦虑症的治疗目标是“在性别问题上实现持久的个人舒适，以优化他们的整体身体健康、心理健康和自我满足”。

一些成人跨性别者通过以符合其性身份的方式工作、生活和穿衣来改变性别表达，并对此感到满意。这被称为社会性别转换。他们可能改变姓名和获得异性身份的证明（例如驾照），以便于他们能够以异性的身份工作和生活。

大多数寻求医学治疗的成人跨性别者希望接受激素治疗和/或手术，使其外观与他们认同的性别相似。他们不需要接受心理治疗。使用心理治疗来尝试“回转”一个人已确立的跨性别身份（所谓的矫正治疗或回转治疗）是无效的，并可能有害。

当给予医学或手术治疗时，它旨在缓解患者的痛苦，帮助他们适应而不是试图劝阻他们放弃自己的身份。

医学或手术治疗包括以下的组合：

性别认定激素治疗

电解

声音疗法

性别确认手术

在开始激素治疗或进行手术之前，如果希望将来生育，跨性别者应与医生讨论保留生育能力的选择。此外，激素治疗可以降低生育能力，但作为避孕无效，接受激素治疗的跨性别者应该根据需要使用避孕措施。

在人们可以接受激素治疗和/或性别确认手术之前，不再需要心理治疗。但是，精神保健专业人员可以通过以下方式提供帮助：

确定是否存在任何精神健康障碍（例如抑郁症或物质使用障碍）

帮助人们应对其他人的负面反应（如反对或歧视）

以一种舒适的方式帮助人们找到表达自己性身份的方法

如果适合，在他们出柜（告诉其他人他们的跨性别者身份）并转换到另一个性别时支持他们

出生时难以通过生殖器分辨男女的患者（生殖器性别不明；中间性）或遗传畸形者（如 Turner 综合征或 Klinefelter 综合征）可能患有程度各异的性别焦虑症。但是，如果儿童可以清晰地了解并坚信自己的生理性别，即使他们的生殖器不明显，他们在成年后大多对自己的性身份有清晰的认识。如果生殖器性别不明的儿童需要手术，通常推迟到儿童年龄较大并能参与决策的时候。

一些性别焦虑症患者除接受异性的行为、衣着和风格外，还会接受激素治疗以改变他们的第二性征：

对于出生时指定为男性的人，使用女性激素雌激素治疗可出现乳房生长和其他身体变化，例如面部和身体毛发减少以及脂肪重新分布到臀部。

对于出生时指定为女性的人，使用男性激素睾酮治疗可出现面部毛发生长、嗓音变粗以及体脂和肌肉分布改变等特征。

除身体影响之外，激素疗法还具有显著的有益心理作用，包括让接受治疗者感觉更轻松、减轻焦虑，并且能够更好地以自己喜欢的性别身份与他人进行交互。

性别确认手术是不可逆转的，医生建议只为符合以下条件的人进行：其已接受经过适当培训且有经验的医疗保健专业人员进行的医疗护理，并已根据当前医疗护理标准接受过治疗。

手术前，医生通常会建议跨性别者

使用性别认定激素治疗

完全以他们偏好的性别角色生活至少 1 年

对于出生时指定为男性的跨性别者，手术包括切除部分阴茎和睾丸，然后塑造一个人工阴道。阴茎的其余部分通常具有性敏感度，从而可以实现性高潮，并留下来像阴蒂一样发挥作用。男变女也可能包括非生殖器整容手术，以创建或增强女性特征（例如，隆胸、隆鼻、提眉、喉结缩小 [切除部分喉结]，和/或下颌重构）。有些患者接受声带手术，以改变音质。

对于出生时指定为女性的跨性别者，手术包括切除乳房（乳房切除术），有时切除内部生殖器官（子宫和卵巢）、闭合阴道、塑造人工阴茎，通常也塑造阴囊。女变男手术在外表和功能方面的效果常不如男变女手术，这可能是为什么跨性别男性较少做性别确认手术的原因。并发症常见，主要是泌尿系统问题。但是，女变男手术的技术在不断改善，有更多的人开始要求手术。

许多接受性别确认手术的人能够获得满意的性关系。他们在手术后即有获得性欲高潮的能力，有些人是在术后第一次发现性快乐。不过，很少有人单纯为了能够在性功能上表现为异性而进行性别确认手术。他们的手术动机通常是为了实现自己内心认同的性别。