部分跖疣可自行消失。但是当疼痛比较明显、皮损多发、大面积扩散时，则需要进行治疗。

治疗的主要原则为破坏疣体、调节局部皮肤生长、刺激局部或全身免疫反应，医生会根据损害的大小、部位及疼痛程度等确定治疗方案。

目前主要采用外用药物治疗和物理治疗，口服药物多用于皮损数目较多或久治不愈者。该病可能需要多次重复治疗才能达到理想的治疗效果，且部分患者在治疗后会出现复发。

不宜采用物理治疗的患者，医生会根据不同情况选择外用药物。

目前尚无确切有效的抗HPV药物，可试用一些免疫调节剂，如硫酸锌、西咪替丁、维A酸类药物等。

外科手术切除易引起瘢痕，术后易复发，因此不是常规治疗方法。除非其他方法治疗失败，才可手术切除。

中医中药在治疗跖疣中具有一定的作用。

适用于治疗较小的跖疣。

是目前治疗跖疣最常用的方法，通常采用液氮冷冻。医生会将液氮直接喷在患处或用棉签将液氮涂在皮损处，使疣体坏死、脱落。

此法虽方便，但疗程较长，通常需4~6周，每次治疗后会经历红肿、起疱、干燥、结痂、脱落等过程。如果痂脱落后疣体没有脱落，则需要进行第2次或多次治疗。

对于多发性损害，冷冻后水疱往往会融合成很大的水疱，给患者带来不便。冷冻后皮损中心消退，环状复发的炸面圈状疣可使得治疗变复杂。

通过电极放出电火花，从而灼毁疣体。

采用脉冲染料激光，通过高温烧灼皮损的小血管，使组织坏死、脱落。这种方法需要每3~4周重复一次治疗。该疗法可能会导致疼痛和瘢痕。

通过微波治疗探头插入或紧贴疣体组织，在疣体局部产生一个高频磁场，将微波转化为热能，导致组织变性、坏死，从而达到治愈的目的。

用射频传递能量至疣的局部，或将疣体浸泡在热水中进行治疗，有报道表明该方法有效。

在皮损处使用光敏剂如氨基酮戊酸（ALA）后进行光照，可引起局部炎症并使皮损处感染的细胞死亡。在治疗期间，可产生明显的疼痛。

用相对不通透的胶带，单纯封包或联合其他疗法去除疣可尝试用于治疗。

局部和皮损内药物注射的免疫治疗，已经进入治疗疣的主流。通常使用的药物是外用二硝基氯苯（DNCB）、斯夸酸二丁酯和二苯沙莫酮，病损内注射的药物是念珠菌属或流行性腮腺炎抗原。

外用DNCB应从较低浓度开始（0.2%~0.5%），接受治疗的疣应在涂药后覆盖24小时，若出现疣体触痛表明需要降低治疗浓度。治疗1~2周疣体开始消退，平均疗程2~3个月或更长。治疗的不良反应包括局部瘙痒、疼痛和轻度湿疹样皮炎。

皮损内注射念珠菌属或流行性腮腺炎抗原，每3~4周重复治疗一次，不良反应类似干扰素，如肿胀、发热、寒战和流感样症状。