质粒绘图

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质粒绘图

2024-05-30 08:51| 来源: 网络整理| 查看: 265

2023-04-28更新:

大部分同学应该都可以下载到snapgene,前阵子写毕业论文又解锁了这个软件。简单分享一下。

首先是把序列粘贴到snapgene中,一般会自动生成一些features,手动添加的话可以在sequence界面左键拉动选中想定义的序列,再点击菜单栏的feature-add feature,随后可对feature命名、改变方向、改变颜色等。

删除feature就是选中feature,右键remove就好。

一般有些酶切位点不是我们想要的,可以选到菜单栏的enzymes- choose enzymes,先remove all,然后再选择想要添加的位点。

另外在view界面可以选择font size改变map大小(smallest- biggest),这个我一般是要把这个map放到AI里画图的时候用到。

说到AI画图,先定位到map界面,再export-map,格式选择.svg,放到AI里就是矢量图啦!在AI里选择置入这个图或者AI打开这个图就好了,先对这个图解除编组(好像在对象那里来着),然后就可以随意改变这个图的任意因素了。可以把多个质粒图或者其他图一起放到AI里排列,下次可以出一个AI画图的简单教程,嘿嘿 !

snapgene画质粒图的细节还有很多,熟悉了简单的就可以慢慢自己解锁啦 !加油

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我决定把自己学到的知识分享给网友们,不让初学者们像前几天的我那样求学无门,独自探索。

今天我要分享的是质粒绘图这件事。

分子生物学专业方面的朋友们可以参考一下。

我昨天学会的是用seqbuilder这个软件绘制粗略的质粒图,也就是并没有要求这个质粒的序列正确,只需要长度即bp(碱基对)个数基本符合要求,在相对位置上插入基因片段,并做好标注。

首先打开软件,点击file,选中new DNA,开始绘制。

进入 Sequencer处,右键paste入一段基因序列,可根据要求随机应变,不需要精确酶切位点等系列操作,则可随意粘贴入序列,保证bp数目符合要求即可。

点开Circular Map,确定,出现一个圆圈,鼠标在圆圈里点击即表示选中了,再在上方菜单栏点开Edit,选中Go to Position,这是让你选择插入基因片段的起始位置,输入数字,就会在圆圈内出现一条半径,选中这条半径移动鼠标(使半径顺时针方向移动),出现扇形区域。

在菜单栏中点开Features,选择new feature,出现一段弧形块,下方出现编辑栏,数字处可进行修改,精确插入基因片段的起始及终点位置,选中弧形块,右键进入edit feature style,可改变颜色、添加箭头(shape下拉菜单里可选),编辑栏里的note处可输入插入基因的名称等文字,选中弧形块右键可看到attach feature label或者detach feature label,这是改变文字位置的(基因里面或者外面)。处于外面可选中文字右键进行改变。

编辑栏里数字处有两个红绿箭头,点击则可更换基因片段箭头方向。

弧形块是可以移动的,而且对应圆心角不会改变,左边菜单栏里有控制标注(标题、长度、标尺等)加减的,标题可选中后右键edit、改字体(change font)

画图结束选中质粒,点击菜单栏edit,copy 或copy as picture均可,然后去其他地方paste啦!

paste过去会带上画布大小,这个我还不知道怎么改,我是在powerpoint上右键编辑图片,改变组合方式就行了,只是偶尔有些东西会移动,在ppt上进行微调吧。不过不介意画布的就没有关系了。

说到这里也就差不多了,算是一个入门,接下来就能逐步摸索画出自己想要的各种质粒图了,我看到菜单栏里还是有很多选项的。

分享知识使我快乐。

SeqBuilder是DNAstar安装包里一起下载的,我当时是为了拼接序列下载了Seqman,凑巧下载了SeqBuilder.



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