土方工程运输费计入“专项支出”科目。专项支出是指企业不能归入其他支出类别中的金额，其中通常包括土方工程运输费。该类费用都是为了完成土方工程而发生的，通常以每立方米土方的运输费为单位计算。根据企业的不同要求，运输费可以以多种方式计算，包括以单个货物的费用计算，或按距离计价计算等。专项支出科目还可以包括车辆和设备的费用，以及土方工程的研究和规划费用。

此外，土方工程所需的材料也应计入“原材料支出”科目中，例如：材料、钢材、砂石等。这些材料也可以以购买或租赁的形式纳入公司账目，并根据实际情况确定科目类别。此外，工作人员的支出应计入“劳务支出”科目。这个科目的费用可以是“津贴”或“薪资”，具体要看公司的实际情况。