CLIP的英文全称为cross-linking immunoprecipitation，即交联免疫沉淀。

是一种利用紫外交联技术，将RNA与蛋白之间互作的弱作用力（如范德华力、氢键）转化为强作用力（共价键），并连用免疫沉淀，探究RNA与蛋白互作位点的分子生物学技术。基于CLIP技术可以在整个转录组水平上检测RNA结合蛋白的结合位点或RNA修饰（m6A）位点。

CLIP的基本实验流程：

1紫外交联细胞，使RNA与蛋白之间形成共价结合。

2用特异性抗体调取特定蛋白与RNA复合物。

3用RNase消化掉没有结合蛋白的RNA，并用RNA连接酶连接3’端的接头。

4用蛋白酶K消化掉RNA结合蛋白，释放RNA。

5用PNK将5’磷酸集团转变为5’羟基，用RNA连接酶连接5’端接头。

6提取RNA，反转录并进行高通量测序。（蛋白与RNA交联处的核酸配对会发生突变）

CLIP根据细胞处理方式和检测方式的不同，分为HITS-CLIP、PAR-CLIP、iCLIP。

HITS-CLIP也称为CHIP-seq，即通常所说的CLIP。将紫外线交联和免疫沉淀与高通量测序结合，以鉴定RNA结合蛋白的结合位点。该技术可用于检测特定RNA结合蛋白的RNA结合位点，或利用m6A抗体检测RNA修饰（m6A）位点，也可用于检测AGO2的靶标microRNA。

PAR-CLIP(photoactivatable ribonucleoside–enhanced cross-linkingand immunoprecipitation)该技术与普通CLIP的区别在于实验前细胞需加入核苷类似物如4-硫嘌呤（4-SU）或6-硫鸟苷（6-SG）（核苷类似物具有毒性），交联4-SU或 6-SG类似物分别导致胸苷到胞苷，鸟苷转化为腺苷转换。4-SU替代发生在每40个尿苷核苷中的大约1个中，并且T到C的转换频繁地发生在交联位点因此，PAR-CLIP可以高精度地识别结合位点。该技术主要用于检测含有微量RNA的核糖核蛋白的结合位点。如miRNP-AGO2/TNRC6

iCLIP

iCLIP（individual nucleotide–resolution cross-linking andimmunoprecipitation）是一种单核苷酸分辨率的CLIP。该技术与普通CLIP的区别在于RNA结合序列5’端的接头是通过成环连接上去的。该方法相较于其他两种CLIP更为精确，可以精确到单个结合碱基。