非度量多维尺度分析（NMDS 分析）是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法，能够反映对象间的顺序关系。与PCoA类似，NMDS可以基于任何类型距离矩阵对对象（样方）进行排序；但也有不同之处，NMDS不在基于距离矩阵数值，而是根据排位顺序进行计算。对于存在距离缺失的数据而言有优势，只要想办法确定对象间的位置关系，即可进行NMDS分析。由于NMDS不是特征根排序技术，也不再让排序轴载更多的变差目的；因此NMDS排序图可以任意旋转、中心化和倒置（赖江山, 数量生态学）。

预先设定排序轴的数量m； 在m维空间内构建对象的初始结构，初始结构是调整对象之间位置关系的起点； 在m维空间内，用一个迭代程序不断调整对象位置，目标是不断最小化应力函数（Stress function，其值被转化为0~1间的数值，可以检验 NMDS 分析结果的优劣。通常认为 stress