【GS模型】使用R包sommer进行基因组选择的GBLUP和RRBLUP分析？ |
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【GS模型】使用R包sommer进行基因组选择的GBLUP和RRBLUP分析？
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目录简介GS示例代码
简介
R包sommer内置了C++，运算速度还是比较快的，功能也很丰富，可求解各种复杂模型。语法相比于lme4包也要好懂一些。
建议查看文档：vignette("v1.sommer.quick.start")
混合线性模型关键在于协方差结构的建立，有以下几类： 复合对称（Compound Symmetry，CS），所有方差相等，所有协方差也相等，对应于单变量方法。但是对于不同尺度的变量是无意义的. 方差组分（Variance Components），每个方差都不相同，并且全部协方差等于0。如果变量完全独立，并且彼此测量尺度不同，才是有意义的模式。 非结构化（Unstructured），没有模式，每个方差和协方差完全不同，彼此间没有关系，对应于多变量方法。协方差结构有很多种，只有在特定的统计条件下才有意义。调用模型并不难，难的是在理解的基础上如何随心所欲地应用。 GS示例代码 预处理 library(sommer) data(DT_wheat) DT |
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