今日，我们对于世界与人类之起源与命运的见解，如此不同，故在大部分国家里，人们已不再惩处宗教信仰不同者。我们目前的不容忍，毋宁是对那些敢于质问我们的经济与政治原则之士。我们解释这种独断主义，其所持之理由为：任何加之于这些珍贵的假定之上的怀疑，均将危害到我们国家的巩固与生存。直到17世纪中叶以前，基督徒、犹太人与回教徒，比我们今日更敏锐地关怀宗教一事。他们的神学理论，乃是他们的至宝与信托品。他们将拒斥这些信条的人士，视为攻击社会秩序基础及人类生命真正意义的敌人。每一集团均因确信而难以容忍，并将他人视为异端。

异端裁判在其宗教信条至少受到教育与旅行的影响，而其理由也大部分受制于风俗与想像的人士之间，获得最迅速的发展。几乎所有的中古基督徒，由于孩童教育与环境的影响，都相信《圣经》字字均由上帝口授，同时相信上帝之子直接建立基督教会。基于这些前提，人们自然认为上帝希望所有的国家，均为基督教国家，而非基督——确信为反基督——宗教的流行，也必然是对上帝的全然侮辱。此外，由于任何一位实质的异端，必然受到万劫不复的惩处，故其检察官相信（许多人似乎如此诚挚地相信），只要能消除一个异教徒，他们便能挽救他潜藏于内心的皈依本性，或是挽救自己，免于永恒的地狱。

处在真正神学家气氛中的伊莎贝拉，大概也持有这些观点。斐迪南是现世的刚硬人物，故可能会怀疑其中的某些见解；但他显然了解，宗教信仰的一致，将使西班牙更容易统治，并能更坚强有力地去打击敌人。经他与伊莎贝拉的请求，教皇西克斯图斯四世终于颁行一道敕书（1478年11月1日），赋权他们任命6位持有神学与宗教法学位的僧侣，为异端裁判所的评议员，以调查并惩处异教徒。这一敕书的显著特色，乃在西班牙君主具有提名异端裁判所人员之权力。较早的异端裁判组织，则由多米尼克或圣芳济会的省区领袖推举。像在下一世纪奉行新教的德国与英国一样，这里的宗教臣属于国家达三代之久。但从技术上看，这些异端裁判者只是由君主提名，再经教皇任命；他们的权威，系由教皇批准而来。这一机构依然是教会的——是教会的一个组织，而教会又为国家的一个组织。政府一则支付异端裁判所的经费，一则收受其净利。国王与王后对其工作密切监视，人民若不服该所的裁判，还可向他们上诉。斐迪南的一切统治工具中，这一组织最称他的心。他的动机主要不在财政；他虽可取利于定罪者被没收的财产，但他拒收足以操纵裁判者的富豪罪徒之贿赂。他的目的乃在统一西班牙。

异端裁判者被赋予雇用教会或俗世的助理作为调查员或行政官员之权力。1483年以后，整个组织划归于一个名为异端最高总裁判庭，通常称作最高署的政府机构管辖。异端裁判所的管辖权，延伸至西班牙境内的所有基督徒，并未触及尚未归化的犹太人或摩尔人，其恐怖的箭头乃指向有恢复犹太教或回教之嫌的那些归化者，以及被指控为异端的基督徒。直到1492年，尚未皈依基督教的犹太人，反比受洗的犹太人安全。教士、僧侣与修道士要求免受异端裁判，但均遭拒绝。耶稣会抗拒该所之管辖权达半个世纪之久，结果仍然屈服。最高裁判所权力的惟一限制为君主的权威；在后来的几个世纪里，即使这一权威也受漠视。异端裁判所要求，并通常接受所有俗世官吏的合作。

异端裁判所自定法律及程序法典。在城里建立法庭之前，该所经由教区讲坛颁行一道“信仰敕令”，要求凡是知道任何异教的，均得向异端裁判者披露。每个人均被鼓励成为弹劾者，以告发其邻居、朋友及亲戚（然而在16世纪，并不允许指控近亲）。告密者可获得完全的保密与保护；凡知情不报及掩护异端者，均将受到庄严之咒逐——即逐出教会及诅咒。倘若一位受洗的犹太人，仍然指望弥赛亚的来临；倘若他还保持《摩西法典》中的饮食法规；倘若他以星期六为崇拜与安息日，或在那天改换其亚麻衣衫；倘若他以任何方式庆祝犹太的任何一个圣日；或对自己任何一个孩子施行割礼，或命以任何的希伯来名字，或没做十字记号即予祝福；如果他动头祈祷，或不加荣耀一词便重复《圣经》的福音；如果他临死面向墙壁；凡此等及类似者，均被异端裁判者视为秘密异端的表征，须立刻呈报法庭。在“恩典一词”之下，任何感到有异端之嫌的人均可前来忏悔。这样，他虽将受到罚金或苦行的惩罚，但仍可获得宽恕，惟其条件为：他得揭发他可能知道的其他异端。

异端裁判者对于告密者与调查员所收集之证据，似乎都均仔细审查。倘若裁判所一致认为该被告有罪，它便发拘票捕人。被告被单独监禁，只有裁判所的代理人才能与之交谈，任何亲戚不得探访。通常他都必须戴上镣铐。他得携带床铺衣物，且需支付监禁与维持生活的所有费用。假使所付之款额不足，则其相当数目的财产将被拍卖，以应所需。其剩余之财物则由异端裁判所的官员予以扣押，以避免被告将其藏匿或另作处置而逃避没收。大部分的情形为：卖出部分财物，以维持犯罪者家中没有劳动能力者。

被逮捕者提审时，由于裁判所已先判定其有罪，故此时被告的责任为证明自己之无辜。审判秘密而不公开，辩护者（即被告）万一获得释放，得发誓绝不揭露有关审判的任何事实。没有任何证人出面指证，他们的名字也不向他提起。异端裁判者辩解此一程序就保护告发者而言，乃为必需。被告首先不被告以受人指控之罪；他只受邀来承认他本身的放弃正教信仰与崇拜，并说出他怀疑有异端之嫌的人。倘其招认令裁判所满意，则他可能受到死刑之外的任何惩处。倘若他拒绝招供，他得选择发言人为他辩护；这时，他被单独监禁。在许多案例里，被告因受到折磨而诱出口供。通常案件得以拖延数月，而手铐脚镣的单独监禁，常足以获得裁判者所想得到的任何口供。

刑讯只在大多数的裁判者投票赞成后施行。其理由为：证据虽未使罪行确定，但已有可能。通常如此判决之刑讯均予延后，期使被告对其恐惧，而能诱出口供。异端裁判者似乎诚挚相信，刑讯对于已被指为罪犯之被告而言，乃是一项恩典，因为招供之后，他可得到较轻的惩罚；即使在招供之后，需行处死，他尚能享受教士之赦免，而不堕入地狱。然而单单认罪犹嫌不足；裁判所也可能施用拷刑，以逼迫愿招之被告，说出犯上异端或罪恶的连带人物。互相矛盾的证人，也可能受刑以找出谁真谁假。奴隶也可能受刑而招出不利于主人的证明。没有任何年龄限制可以免去这些受难者，13岁的少女与80高龄的老妪，都有可能被架上拷问台。但西班牙异端裁判所的法规，通常均禁止看护的妇女，或心脏衰弱者，抑被控以轻微的异端，或认为通奸不过是个可宽恕之罪的人受到拷刑。拷刑不得令犯罪者永久残废，且只要随侍之医生下令，便得停止。刑讯只在负责该案的裁判者、一名公证人、一名记录秘书及一名地方主教的代表之前施行。其方法随时间地点而不同。受难者的双手，可能被反绑在背后，然后吊起；也可能被缚得不能动弹，然后慢慢用水灌入喉咙，直到几乎窒息为止；或可能被绳索绑住手臂与腿，然后拉紧，直到绳索穿肉刺骨。我们听说西班牙异端裁判所所使用的刑讯，还比早期教皇的宗教裁判所，或当时俗世宫廷所使用的温和。主要的折磨乃在延长的监禁。

异端裁判所不仅是检察官、法官与陪审团，它同时还颁布信仰与道德之律令，并且建立次序或刑罚。在许多情形下，刑罚还算慈悲，因悔罪者的年龄、无知、贫穷、醉酒或一般的令誉而免除部分惩罚。最温和的惩罚为申诫，较严重的是强迫公开宣誓放弃异端邪说——此举甚至使得无辜者也长留标志到死。通常被定罪的悔罪者，须身穿“悔罪服”——绘有燃烧火焰的十字架之衣服——定期参加弥撒。他可能袒露至腰，身披罪行标志而游行过街。他及其后代子孙，可能永远不得担任公职。他也可能被逐出城，偶尔也被逐出西班牙。他可能被鞭上一两百下，到“安全限度”为止。此刑男女同等。他可能遭受囚禁，或流放到军舰上服役——斐迪南倾向于后者，认为对国家较为有用。他也可以缴付相当的罚款，或让其财产被没收。有些案例里，死人也被控以异端，并接受死后审判，财产没收充公。这时，其继承者即丧失遗产权。告发已死的异端者，可得30%50%的利益。凡是害怕这种追溯既往之判决的家庭，有时便向裁判者付出“和解费”，以保障其继承的遗产不被没收。财富因而变成了拥有者的一项危险，以及告发者、异端裁判者与政府的一桩诱惑。随着金钱流入异端裁判所的钱柜，使得里头的官员，追求黄金比保存正教信仰更加热心，腐败堕落也就假宗教之名而盛行起来。

最大之惩罚为火刑。这是保留给被判定犯了严重的异端之罪，而未在判决宣布前承认者，以及那些虽已及时招供，虽已获得“和解”或宽恕，但过后又流为异端之徒。异端裁判所本身宣称它绝不杀人，只不过将定罪者交给俗世政府；但无论如何它明晓刑法规定，凡严重犯上或不知悔改的异端之罪者，均须火焚于柱。教士正式出现于公开焚烧异教徒之场合，即坦然显示教会的责任。“信仰之举”不仅仅在火焚一事，而在判罪与执行时整个仪式。其目的不仅在恐吓潜藏的触犯者，并且在训诲子民，使之预尝到最后审判的滋味。

起初，火焚的程序很简单：那些被判死罪者，被送到公众广场，然后列成一排被缚在柴堆上，异端裁判者端坐在对面的平台上，口念认罪的最后呼吁，继而宣读判文，点燃火把，这场痛苦终告圆满结束。但后来由于火焚渐多，威慑力降低，其仪式乃更加复杂与令人惊惧，而以一出精密安排、耗资无数的大戏搬上舞台。如果可能，火刑总定在西班牙国王、王后或王子登基、结婚或拜访之日，以资庆祝。城市与国家官吏、异端裁判所之人员，以及地方教士与僧侣，均应邀——事实上是必须参加。行刑前夕，这些高僧显宦均加入一肃穆的行列，经过城里的主要街道，同时将异端裁判所的绿十字架，安置在大的或主要的教堂的祭坛上。裁判者作最后努力，以取得被定罪者的招认；许多人到了那时便屈服下来，其判决因此减为有期或无期监禁。第二天早晨，囚犯从密集的人群中被引到城市广场。他们是骗子、亵渎者、重婚犯、异教徒以及复陷于异端的皈依者，后来再加上新教徒；有时这一行列还包括缺席罪犯的画像，或装有死后被判罪者的骨头之盒子。广场里，在一座或数座高台上坐有异端裁判者、俗世与僧院的教士以及城市与中央官吏；国王也偶尔亲自主持其事。先是讲一会儿道，继而凡在场者均须宣誓服从异端裁判所的神圣职事，并且保证弃绝并迫害任何形式及任何地方之异教徒。随后，囚犯一个接一个被带到裁判者前面聆听判文。我们不必想像有任何大胆的反抗发生；到这地步，每一个囚犯几乎都已精疲力竭且身心交瘁了。即使到这时候，他仍可招认而挽救性命；遇到这种情形，异端裁判所通常均以鞭笞、没收财物或监禁该犯终身来聊以满足。倘若罪徒直到判文宣读完毕后方才招认，则他可得到在火焚前被绞死这项慈悲，像这样直到最后一分钟才认罪的罪犯很多，因此被活活烧死的情形便相对减少了。那些被判严重犯上的异端之罪，而否认到底者，均不得（直到1725年）行最后的圣餐礼，且依异端裁判所之意，只有被弃置于万劫不复的地狱。“悔罪者”现在则被带回监狱；怙恶不悛者则“交还”给世俗军士，并嘱以虔诚小心，不得让他们滴下任何污血。这批人终于被带出城，从打数十里附近前来迎睹这一圣日景观的人丛之间经过。他们最后到达一个准备好的刑场，招认者先绞后焚，而顽抗者则活活烧死。柴火一直加添助燃，直到死者全部烧尽，只剩一堆灰，然后将之散落于田野、溪流之上。这时，僧侣与围观者才各自返回他们的祭坛及家宅，心中深信他们已呈给受到异端侮辱的上帝一种求和的供品。人类的献祭行为又恢复起来了。

斐迪南与伊莎贝拉异端裁判所的进展（1480—1516）