丛林神庙（也被称为丛林蜥蜴神庙）是一个位于地下丛林的封闭式的结构，由丛林蜥蜴砖建成。它总是存在于任何生成的世界中，但只能在世纪之花被打败后正当地进入。丛林神庙包含独特的丛林蜥蜴主题的敌怪、机关、和家具。用于制作丛林蜥蜴主题的家具的制作站，丛林蜥蜴熔炉，可以在其中的宝箱中找到。丛林神庙末端的房间内找到的丛林蜥蜴祭坛可以用于召唤石巨人 Boss。打败石巨人会触发邪教徒的生成，用于召唤月亮事件。

丛林神庙通过位于顶部一角的丛林蜥蜴门进入。门最初是锁住的，需要用一把神庙钥匙开启，后者掉落自世纪之花。解锁门会消耗玩家的物品栏中的一把神庙钥匙，门将会对世界中的所有玩家永久开放。一般来说，玩家不能通过任何常规方式进入神庙，因为丛林蜥蜴砖至少需要掉落自石巨人的锯刃镐才能采掘，且丛林蜥蜴砖墙会施加许多限制（如限制传送机的使用）。不过，有许多种方法能够在打败世纪之花前进入神庙。

神庙的入口通向一条长长的走廊，走廊向下蜿蜒穿过几个房间，尽头是底部的一个大房间，里面有丛林蜥蜴祭坛。在丛林蜥蜴祭坛花费一个丛林蜥蜴电池可以召唤石巨人。丛林蜥蜴电池可在神庙的丛林蜥蜴箱中找到数个，也会由神庙的丛林蜥蜴和飞蛇敌怪随机掉落。

整个神庙中都布满了多种类型的机关，包括烈焰机关、长矛机关、尖球机关、和超级飞镖机关。神庙中机关的出现频率比地牢中更加频繁，伤害也更高。它们由只被玩家触发的丛林蜥蜴压力板激活（敌怪可以在其上自由行走而不激活它们）。和地牢中一样，所有神庙机关、压力板、和电线都可以被玩家采集，以在玩家建造的机械中使用。