还在为确定磷酸化位点而烦恼?一键查询要不要? |
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原标题:还在为确定磷酸化位点而烦恼?一键查询要不要? 作者:静夜谧思 转载请注明:解螺旋·临床医生科研成长平台 蛋白质磷酸化是指在蛋白质激酶催化作用下把ATP或者GTP的磷酸基转移到底物蛋白质氨基酸残基(丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸)上的过程。 磷酸化作为转录后修饰中最重要的一种方式,在细胞信号转导的过程中起重要作用,因此磷酸化调控机体生命活化研究是近些年的热点和难点。 在研究的过程中虽然有一些套路,但是,我们往往觉得不轻松,特别是在寻找磷酸化位点的时候,繁重的工作量会让大家身心疲惫,因此快速的查找到激酶的磷酸化位点会我我们节省大量的人力物力财力。 今天我就为大家介绍一种非常好用并且行之有效的方法。在这里,我以重要的激酶AKT磷酸化FAF1蛋白为例,给大家讲述如何一键查询磷酸化位点。 首先,进入CST网站,https://www.cst-c.com.cn/?utm_source=baidu&utm_medium=cpc&utm_term=cst&utm_content=cell+signaling+-+general&utm_campaign=ch+-+brand 搜索后,找到AKT substrate motif为RXRXXS*/T*,这里给大家做下解释,这个基序的意思,R代表精氨酸,X代表任意氨基酸, *表示此氨基酸发生磷酸化,/表示两个氨基酸中任意一个。 知道激酶作用的基序后,要进入位点预测网站,选择Option 3 http://prosite.expasy.org/scanprosite/ 展开全文下面分三步:第一步是需要被磷酸化蛋白的序列,我们可以计入Uniprot数据库查找FAF1的蛋白序列。http://www.uniprot.org/ 搜索后 进入其简介面 选择sequence 导出其FASTA格式文件,获取其序列。将其序列导入上一个数据库网站中,同时将motif改为scanprosite网站可识别的基序:将RXRXXS*/T*改为R-X-R-X(2)-[ST] 直接点击START THE SCAN 可以看到,有两个位点T426或者S582是符合我们预期的motif位点,因此只需要对这两个位点进行验证就行,节省了大量时间。 通过文献,查找,我们发现近期的一篇文章指出了这个位点 本文作者是通过通过质谱的方法来找到这个位点,费时费力,如果适当的运用生物信息学来预测,会得到意想不到的结果。 是不是很方便?正在寻找蛋白磷酸化位点的你,是不是以及迫不及待地想试试了?返回搜狐,查看更多 责任编辑: |
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