【网络药理学】二、疾病靶点筛选 |
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二、疾病靶点筛选1.主要常用数据库 (1)GeneCards(https://www.genecards.org/)注:需注册登录。 ①搜索所需查找的疾病。(例:PCOS) ![]() ②点击“Export”项目下的“Export to Excel”,导出EXCEL文件。 ![]() ③打开下载好的文件,将第一列“Gene Symbol”项目下的靶点复制到EXCEL备用。 ![]() (2)DisGeNET(https://www.disgenet.org/search)注:需注册登录。 ①输入疾病名称,点击下方出现的疾病。 ![]() ②点击搜索。 ![]() ③点击“Summary of Gene-Disease Associations”。 ![]() ④点击Download,导出EXCEL文件。 ![]() ![]() ⑤打开EXCEL文件,筛选出“Score_gda”0.1以上的靶点,将“Gene”项下的靶点复制到EXCEL备用。 ![]() (3)OMIM(https://omim.org/) ①点击“Gene Map”。 ![]() ②输入疾病名称,点击搜索。 ![]() ③点击“Download AS”项目下的“Excel File”。 ![]() ④打开下载好的EXCEL文件,将“Gene/Locus”项下的靶点复制到EXCEL中。 ![]() ![]() ⑤选中所有数据,点击“数据”→“分列”。 ![]() ⑥点击“下一步”,勾选“逗号”,点击“下一步”,点击“完成”。 ![]() ![]() ![]() ⑦每一列分别升序排列,选择“以当前选定区域排序”,点击“排序”。 ![]() ![]() ![]() ⑧每一列分别选中,点击“数据”→“删除重复值”,选择“以当前选定区域排序”,点击“删除重复项”,点击“确定”。 ![]() ![]() ![]() ⑨通过“查找和替换”将空格删除。 ![]() ⑩将所有数据合并到一列,并按上述方法删除重复项,复制到EXCEL备用。 ![]() (3)Pharmgkb(https://www.pharmgkb.org/) ①输入疾病名称并搜索。 ![]() ②勾选左侧Gene。 ![]() ③右键基因名称,点击“在新标签页中打开链接”。 ![]() ④复制基因名,粘贴到EXCEL中备用,其他基因同上。 ![]() ![]() (1)Drugbank(https://go.drugbank.com/) ![]() (2)TTD(https://db.idrblab.net/ttd/) ![]() (3)GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/) ![]() |
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