荧光定量PCR熔解曲线峰不够锋利的问题

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荧光定量PCR熔解曲线峰不够锋利的问题

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荧光定量PCR熔解曲线峰不够锋利的问题 标签: PCR 熔解 锋利 荧光 定量 曲线

各位大神,本人新手一枚,最近在做RealTime pcr 遇到些问题:1.熔解曲线上升的峰比较缓慢,不像别人文章里那样一下就上升,请问如何优化?对实验结果有何影响?2.熔解曲线前有引物二聚体的小峰,除了引物浓度梯度以外,还有什么优化方式(用的Mix,不能优化镁离子……),如果实在不能优化,少量的引物二聚体对实验结果有影响吗?3.如果相对定量的结果和标准曲线没有关系(此处认为标准曲线的意义在于证明该体系可以稳定进行 所以做标准曲线) 那么我的跑样结果中的熔解曲线图还重要么?是否也要求像标准曲线一般良好?

yfxiao 2023-04-20 253 次浏览 赞 860 最新回答 执行者 1726 次浏览 691 赞 2023-04-23 22:32

你的扩增曲线是什么样子的?用的是染料法吗?感觉你引物的特异性不是很好,Tm值是多少?我们一般优化峰型会用热启动dNTPs。因为你用的是Mix,所以可以调整的余地就很小了

半妖精 2987 次浏览 465 赞 2023-04-23 21:52

@2楼:你的扩增曲线是什么样子的?用的是染料法吗?感觉你引物的特异性不是很好,Tm值是多少?我们一般优化峰型会用热启动dNTPs。因为你用的是Mix,所以可以调整的余地就很小了 但是跑胶看确实没有引物二聚体,况且如果有,也应该是一个小峰,我这个没有小峰,而是在75-80度缓慢上升形成峰…不知道怎么解释

岑由飞 4827 次浏览 726 赞 2023-04-23 19:12

@3楼:但是跑胶看确实没有引物二聚体,况且如果有,也应该是一个小峰,我这个没有小峰,而是在75-80度缓慢上升形成峰…不知道怎么解释... 没有图让大家怎么解答,你的描述不一定准确的,会遗漏很多...

ervin1989 420 次浏览 337 赞 2023-04-23 19:14

不知道你的PCR产物有没有测过序,确定是你要的目的片段吗?今天在一本指南中看到了一个例子,溶解曲线有个峰型跟你描述的很像,不过是个非特异性产物的峰。我传到附件中了,你可以看一下。溶解曲线图.docx398.66 K

聆风泠泠 5850 次浏览 983 赞 2023-04-23 18:23

@5楼:不知道你的PCR产物有没有测过序,确定是你要的目的片段吗?今天在一本指南中看到了一个例子,溶解曲线有个峰型跟你描述的很像,不过是个非特异性产物的峰。我传到附件中了,你可以看一下。 我看了一下,不太一样呢,我把图传上来,麻烦您帮我看下呗……

蔡杰 5677 次浏览 760 赞 2023-04-23 17:40

这是我的图,电泳显示只有一条带。但是这个图实在是理解不能啊

QQ图片

bjxiaohua 299 次浏览 318 赞 2023-04-23 16:38

@4楼:没有图让大家怎么解答,你的描述不一定准确的,会遗漏很多..... 好的好的 我把图传上来了~~~

pp2008634 1452 次浏览 545 赞 2023-04-23 15:08

你扩增的目的片段是不是很小?如果太小不容易与引物二聚体分开。看你这个峰值对应的温度比较低。你最好是测序确认一下你的目的产物。或者是换引物。还有你说的引物二聚体的小峰那个应该不是引物二聚体。跑电泳显示只有一条带不一定就代表没有非特异性的扩增,因为有些非特异性扩增的条带跟你的特异性产物大小很接近,跑电泳根本看不出来。你的反应条件是怎样的?退火温度有多少?退火温度不能太低了,或者是你换一下热启动酶试试,看能否提高特异性。

chenzhouchf 2749 次浏览 455 赞 2023-04-23 12:59

@9楼:你扩增的目的片段是不是很小?如果太小不容易与引物二聚体分开。看你这个峰值对应的温度比较低。你最好是测序确认一下你的目的产物。或者是换引物。还有你说的引物二聚体的小峰那个应该不是引物二聚体。跑电泳 ... 果然一语中的T-T 就是只有160bp左右,今天换了3步法,依然这样,所以打算换引物了 ╮(╯-╰)╭  不做无谓的挣扎了谢谢您的回答哈

Allensna 3607 次浏览 360 赞 2023-04-23 12:43

160bp不小啊,在推荐范围内,你还是直接换引物吧,以免浪费时间

zqian84 1552 次浏览 865 赞 2023-04-23 12:31

@11楼:160bp不小啊,在推荐范围内,你还是直接换引物吧,以免浪费时间 我今天做了另外一个基因,唯一的问题就是熔解温度在76度,不知道这样的结果可信吗 难道是引物二聚体吗

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maggie712 1933 次浏览 808 赞 2023-04-23 11:40

@3楼:但是跑胶看确实没有引物二聚体,况且如果有,也应该是一个小峰,我这个没有小峰,而是在75-80度缓慢上升形成峰…不知道怎么解释... 你好,我想问下你的问题解决没呀。我的有一个基因的熔解曲线的峰值在78。这种情况确定是引物二聚体吗?



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