R语言作为统计分析、可视化绘图、数据挖掘和机器学习的最常用的语言之一，是一款开源且相对简单的编程语言。在生信信息分析中有着广泛的应用。

做生信，学习R语言，除了学习R语言的相关语法外，还要学习一些特定的R包。

什么是R包呢？

R包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合，包括R程序，运行该程序的其他语言，解释这个程序功能和方法的帮助文档，例子和测试数据等。

做生信分析主要用到了这四类R包。

1、R自带了一系列默认包，包括base, datasets, utils, graphics, stats以及methods。这些包提供了很多默认函数和数据集，我们可以无需下载直接使用。

2、R中提供了一些高级可视化的R包，包括ggplot2, ggpubr, ggsci, ggstatsplot, complexheatmap包等。

3、R中提供了一些统计分析和机器学习的R包，包括survival, glmnet, randomForests, rms, e1071包等。

4、另外，做生信分析还需要学习Bioconductor的相关内容。Bioconductor可以简单理解为基于R语言专门做生物信息学分析的众多工具包的集合。通过使用Bioconductor，可以快速查找公共数据库相关资源，可以快速地对芯片数据，高通量数据进行分析与可视化，快速进行若干生信相关的各种分析。

1、安装普通R包

安装R自带的函数直接安装包了，不需要考虑各种包之间的依赖关系，最简单。

对普通的R包，直接使用install.packages( ) 即可，或者从通过菜单栏的Tools——>Install Packages，输入包名即可，输入要安装的R包。一般下载不了都是包的名字打错了，或者是R的版本不够，或者镜像没有选择国内的镜像。

如果下载了安装不了，一般是依赖包没弄好，或者你的电脑缺少一些库文件，如果实在是找不到或者下载慢，一般就用repos=来切换一些镜像。

设置镜像，可以选择Tools选择，选择Global Options, 点击Packages选项，在Primary CRAN repository选项中选择一个国内的镜像。

2、Bioconductor包安装

生信相关的R包，在各个搜索引擎中输入R包的名称，就可以找到该R包在Bioconductor包中对应的安装命令行。以limma包为例。在百度中输入limma

点击第二个词条，进入Bioconductor页面。

在Installation部分，即可找到安装的命令行。

3、从github中安装

所有的R包都提交上传到CRAN，如Github，需要通过一定的渠道进行安装

R安装devtools包

4、下载R包之后本地安装

以limma包为例。

在Bioconductor下载tar.gz安装包

把这个包放在一个绝对能够读取的路径，不能有中文字符的路径。

一行代码本地安装

今天和大家就聊到这里。