此外，含 EVs/外泌体的离心沉淀物中存在聚集的蛋白质和核酸污染物。密度梯度离心 (DGC) 目的是提高 UC 分离法获得的EVs/外泌体的纯度，但同时它也使分离程序复杂化和使分离时间延长，而且还降低了 EVs/外泌体的产量。UC 或 DGC 都无法实现不同实验室间的标准化采样。沉淀试剂盒已被用于EVs/外泌体纯化。这些试剂盒通常为 PEG 基聚合物，可沉淀多种产物，而不仅仅是 EVs/外泌体。已发表的独立数据表明，这些沉淀产物中含有大量的非 EVs 材料污染物，因为上述沉淀试剂可导致与蛋白质、脂蛋白和其它生物成分形成共沉淀。qEV SEC 色谱柱可提供高纯度的样品而不会影响 EVs/外泌体 的结构或功能。沉淀试剂盒提供的是不纯净的样品而且不同批次间也存在差异。EV 领域的先锋研究人员已不再使用或推荐沉淀方法。