VASP结构优化

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VASP结构优化

2023-09-27 13:19| 来源: 网络整理| 查看: 265

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分子和团簇的优化

构建大的supercell,在考量计算量的情况下,保证近邻image中最近原子距离>6A (可以认为破坏对称性)

只优化原子坐标,不优化晶格常数:VASP中ISIF=2, K点也是单Gamma点(见KPOINTS详解)

分子H2O的建立POSCAR

1. 从菜单栏选择File —— New,或者直接点击如图中的按钮,在新建文档对话框中选择3D Atomistic,鼠标左击两次,这将打开一个空白的3D视图,相应的一个叫做3D Atomistic.xsd的项在项目管理器中显示出来。

2. 在Sketch工具栏上选择Sketch Atom工具

,点击选项箭头

,这里不是O,需要再按倒三角,选择O,在3D Atomistic.xsd的空白地方,鼠标左击一次,留下一个O,之后按ESC结束绘制。点击按钮

,鼠标正常使用。

3. 增加氢原子

点击如下Adjust Hydrogen按钮

4. 微调整结构

在Sketch工具栏上点击Clean按钮

通过Clean工具可以使结构的几何形状改善。

保存,从菜单栏中选择File —— Save Project。

最后的结构如下图所示:

点击Distance测量一下O-H的键长,记录一下,便于和后面优化好的结构做对比

5. VASP计算需要把建好的结构放进建好的格子中,点击Build——Build crystals,建10x10x10的胞,结构如下所示:

6. 导出结构:File——Export——选择导出cif格式——把导出的cif格式拖到VESTA——点击File——Export Data——选择导出POSCAR格式,之后都是默认的,目前POSCAR就准备好了。接下来进行计算:

KPOINTS的建立

1. 对于原子或者分子的计算,K点取一个gamma点(1 1 1)就够了,因为这些原子和分子不是周期性的,多的K点是能提高周期性镜像分子间的相互作用精度,但是这部分能量是我们不想要的(具体详见往期KPOINTS的文章)

2. 故该分子的KPOINTS可以写为

K-POINTS0Gamma1 1 1

0 0 0

INCAR的建立

#这里给的是个简单的INCAR,具体计算需要加参数,再另加

SYSTEM=H2O

PREC=N

ENCUT=500

EDIFF=1E-5

EDIFFG=-0.02

LREAL=F

LCHARG=F

LWAVE=F

NSW=500

IBRION=2

ISIF=2

ISMEAR=0

SIGMA=0.01

#.........

POTCAR

从服务器里导出POTCAR,具体见往期POTCAR那一节

脚本提交作业



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