ONGene:基于文献检索的肿瘤基因数据库 |
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OnGene是一个肿瘤基因的数据库,通过文献检索的方式获得了803个肿瘤基因,文章的链接如下 http://dx.doi.org/10.1016/j.jgg.2016.12.004 数据库网址如下 http://ongene.bioinfo-minzhao.org/index.html 数据库构建的pipeline如下图所示 ![]() 首先在pubmed中用以下几个关键词进行检索 oncogeneoncogeniconcoproteinproto-oncogene得到候选的17033篇文献,然后从long non-coding RNA和oncogene两个关键词检索,得到435篇文献。另外又从oncomirdb和miRCancer数据库中得到肿瘤相关的miRNA。 对以上得到的文献进行人工核对,最终筛选得到了803个有文献支持的肿瘤基因,并对这些基因进行了以下几种数据分析 功能注释,提供了基因名称,参与的通路,相关疾病等注释信息差异分析,利用TCGA中的表达谱数据,进行肿瘤和正常样本的差异分析与lncRNA的共表达分析,利用MiTranscriptome数据库中的表达谱数据,分析肿瘤基因与lncRNA之间的共表达突变信息注释,利用TCGA中的mutation信息进行注释通过首页的browser菜单,可以浏览肿瘤基因的相关信息,以蛋白编码基因MYC为例,包含以下几个部分的结果 1. Gene information包含了基因名称,染色体位置,对应的pathway与疾病,序列等信息,示意如下 ![]() 展示了该基因相关的文献和摘要信息,示意如下 ![]() 展示该基因在样本中的表达量信息,示意如下 ![]() 展示与该基因存在共表达的lncRNA信息,示意如下 ![]() 展示该基因上存在的mutation信息,示意如下 ![]() 展示其他物种中该基因的同源基因信息,示意如下 ![]() 该数据库中的信息是可以免费下载的,链接如下 http://ongene.bioinfo-minzhao.org/download.html ![]() 对于肿瘤研究而言,该数据库非常值得参考,可以帮助我们快速的筛选候选的肿瘤基因。 ·end· |
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