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导语 GUIDE ╲ GlioVis(http://gliovis.bioinfo.cnio.es)是一个强大的基于web的工具,可帮助研究人员和临床医生快速访问与脑肿瘤研究相关的数据。 背景介绍 GlioVis 包含超过 6500 个肿瘤样本,大约 50 个表达数据集的大量脑肿瘤实体(主要是神经胶质瘤),包括成人和儿童。虽然目前只能访问原发性脑肿瘤,但未来还计划加入继发性/转移性脑肿瘤、细胞系和异种移植物的数据。GlioVis 主页上提供了可用数据集的完整列表。原始表达数据已从各种来源下载:Gene Expression Omnibus、ArrayExpress和 Firebrowse。然后使用 R 语言处理这些数据,并结合手动策划的表型信息以进行可视化。 数据库在2020年还加入了CGGA来源的数据,数据处理的详细信息可以在 GlioVis 帮助页面上找到。 ![]() 使用介绍 01 主页 数据库的主页主要分为Home、Explore、Tools、About、News五个部分。Home部分包含了对数据库的介绍,以及可用数据的统计,还有一些简单的使用说明,用户可以快速的学会使用数据库进行分析。 ![]() ![]() 02 Explore 用户主要通过Explore界面可以进行个性化的分析! ![]() 首先选择数据集、平台、基因等信息,便可以在右边的绘图部分直接看到结果。 ![]() 可视化的形式十分多样,可以对表达、生存、相关性、突变、差异表达等等进行分析和绘图!由于数据量较大,可能有时绘图比较慢,大家可以耐心等待一下。 ![]() ![]() 用户对默认的绘图如果不够满意的话,可以在左下方的绘图参数调节部分,进行个性化的调节,对于不同类型的图片都有对应的调节方式。 ![]() 绘图所需要的数据,我们可以直接查看以及下载下来,自己进行分析! ![]() 03 Tools 如果不想用数据库提供的数据集,我们也可以自行上传一个表达矩阵到数据库来进行分析(行为样本,列为基因),目前只适用于神经胶质瘤,使用 3 种不同的算法—SVM、KNN和ssGSEA分析,按亚型对肿瘤样本进行分类 ![]() ![]() 04 About、News 关于数据库分析功能的详细说明,可以在About界面查找到。 ![]() News界面主要记录了数据库在不同时间进行了怎样的数据更新。 ![]() 小编总结 gliovis是一个针对脑部肿瘤表达数据分析和可视化的数据库,使用起来可以说是十分方便,内部的可视化效果也是比较美观,小伙伴们快快用起来哦! |
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