结核病是由结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，MTB）感染引起的传染病，快速诊断是结核病临床诊治的第一步。

宏基因组二代测序技术（metagenomic Next-Generation Sequencing，mNGS）是一项能对微生物脱氧核糖核酸含量进行高通量测序的技术。目前mNGS对结核病的诊断价值尚缺乏评价，对于MTB检出报告的解读尚存疑惑。

本研究对同期进行MTB常规诊断方法及mNGS检测的患者进行回顾性分析，比较mNGS与其他诊断方法对结核病的诊断价值，为商业化试剂的规范使用提供依据。

在临床诊断的165例结核病中（肺结核100例，肺外结核65例），mNGS检出MTB阳性99例，3例肺结核同时检出MTB和曲霉，38例肺结核同时检出MTB和细菌，mNGS共检出了27例其他结核病病原学检测均为阴性的病例（其中20例为肺外结核）。40例非结核的患者中涂片法、培养法、Xpert 及mNGS均未检出MTB。mNGS检测结果28例为感染性疾病，其中20例为细菌感染（灌洗液16例，脑脊液1例，胸腔积液2例，关节积液1例），5例为真菌感染（灌洗液曲霉阳性3例，脑脊液隐球菌阳性2例），3例为非MTB病（灌洗液2例，淋巴结穿刺1例）。12例恶性肿瘤mNGS检测结果：7例灌洗液检出细菌，3例胸腔积液未检出病原菌，1例心包积液未检出病原菌，1例淋巴结穿刺未检出病原菌。

mNGS报告的解读：

MTB阳性检出序列数为1~1 100，MTB检测阳性者最终均诊断为结核病，无假阳性；真菌和细菌检测阳性者均根据临床、影像学和其他检测结果综合判断后进行临床干预。结核组中38例检出细菌的肺结核患者中， 20例参考mNGS结果进行了针对性的抗感染治疗，18例只进行了抗MTB治疗；3例曲霉阳性的患者，1例为肺结核空洞曲霉球，只进行了抗结核治疗，2例同时进行抗MTB和真菌治疗；非结核组28例感染性疾病和5例真菌感染患者均参考结果调整了抗生素；3例非结核分枝杆菌病（NTM）患者，因非NTM 1次mNGS结果尚不能作为确诊依据，但因高度疑似均进行了针对性治疗，最终例经分枝杆菌培养和淋巴结活检后确诊为感染；12例恶性肿瘤考虑为感染的患者中3例进行了针对性的抗生素治疗，4例未进行临床干预。本研究中mNGS检出2种以上细菌者73例。

mNGS诊断结核病的效率及与其他诊断方法的比较：

以临床诊断结果为参考标准，mNGS诊断结核病的敏感度为60%（99/165，95%CI0.5~0.7），特异度为100%（40/40，95%CI 0.9~1.0）；阳性预测值为100%（99/99， 95%CI0.9~1.0）；阴性预测值为38%（40/106，95%CI0.3~0.5）。mNGS诊断结核病的敏感度高于涂片法（11%，18/165）、Xpert（44%，72/165）及培养法（23%，38/165），差异均有统计学意义（均P