如实验室检查结果符合肝炎，应进行病毒血清学检查，除外HBV和HCV（见表乙型肝炎血清学和丙型肝炎血清学）。除非这些检查提示慢性肝炎是病毒引起的，否则需要进一步的检查。

接下来的检查包括

自身抗体（抗核抗体、抗平滑肌抗体、抗线粒体抗体、肝肾微粒体抗体）

免疫球蛋白

血清转铁蛋白饱和度和铁蛋白

甲状腺的检查（促甲状腺激素）

乳糜泻的检查（组织谷氨酰胺转胺酶抗体）

alpha1-抗胰蛋白酶水平

血清铜蓝蛋白含量

对于儿童和青年要检测铜蓝蛋白以筛查肝豆状核变性。

自身免疫性肝炎的诊断常常基于有抗核抗体（ANA）、抗平滑肌抗体（ASMA）或抗肝 肾微粒体抗体1型（抗-LKM1）滴度≥1：80（成人）或≥1：20（儿 童），通常还有血清免疫球蛋白的升高。 抗线粒体抗体最常出现在原发性胆汁性胆管炎中。 (参见 the American Association for the Study of Liver Disease's practice guideline Diagnosis and Management of Autoimmune Hepatitis in Adults and Children: 2019 Practice Guidance and Guidelines From the American Association for the Study of Liver Diseases.)

血清转铁蛋白饱和度 > 45% 和铁蛋白升高提示遗传性血色病，应进行血色病基因（HFE）检测。

应该检测血清白蛋白、血小板计数和PT以评估肝功能、疾病严重程度，低白蛋白水平、低血小板计数或PT延长提示肝硬化，甚至门静脉高压。

如果确定了肝炎的病因，可以进行无创检查（例如超声弹性成像、血清标志物）来评估肝纤维化的程度。