肛门直肠周围脓肿：90% 以上的肛瘘是由「肛门直肠周围脓肿」进展而来的 [1]。肛管内的肛隐窝腺被细菌感染后，发生化脓，脓液积聚形成肛门直肠周围脓肿；若不及时治疗，脓肿破溃、脓液流出、瘘管形成，即为发展为肛瘘 [1]。 而肛瘘外口的皮肤愈合，导致脓液无法排出，会再次形成脓肿，从而形成恶性循环。如果感染进一步扩散，还可能造成全身性的严重感染。病程久的肛瘘可能形成多个外口及支管，支管间可互相沟通，形成复杂性肛瘘。

其他疾病：克罗恩病、性病性淋巴肉芽肿、结核、直肠肿瘤、肛管外伤等也是导致肛瘘的常见原因，约占肛瘘的 10% 左右 [1]。