蛋白质三维结构预测，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做，不限物种，没有太多要求，可为文章增色。 windows版本的VMD软件可在公众号生信星球回复“VMD”获得，且附带软件中文教程。

以这段序列为例：

AAGGAATTGACAGAAGAGCAGAGAACACAGCTTTTTGAAGATCTAAAACAGTGTAAAAATTCGACAGATCTTTCCGACGATGAGTTTGAAACGATCATTGCTAAGAAGGAGCTCCCTACTTCGGAAGCAGGCAAATGCTTCACGAAATGCTTGATGGAGAAATTGGATATAATTGAGGATGCTGAAGGAGGGAAGAAGAAAATCAGTGTGATCACGATGCAAGCCTCGCTGGAGGAGAATATGGAAAAGGAAGATGATATTGCTAAAGGGAAGGATATCATCCAGAAATGTGGAGATACAGTGGAGCCCGAAGACAGTTGCGCATATGCATATAATATCTCTAAATGCATTTACGATAGAATGAAGGAGGCAGGCATTTCTCAATAA

如果你有核苷酸序列而没有氨基酸序列，可用NovoPro在线工具转换： http://www.novopro.cn/tools/translate.html

KELTEEQRTQLFEDLKQCKNSTDLSDDEFETIIAKKELPTSEAGKCFTKCLMEKLDIIEDAEGGKKKISVITMQASLEENMEKEDDIAKGKDIIQKCGDTVEPEDSCAYAYNISKCIYDRMKEAGISQ

主要介绍同源建模与穿线法。

网站：swiss-model 原理：相似的氨基酸序列对应着相似的蛋白质结构 要求：找到与目标序列一致度≥30%已知结构作为模板

（1）首先看搜到的模板与你的序列一致度是否>30%，如果不大于，要发英文文章此结果就应放弃，用iTASSER重新预测。如果只是看看，发中文或放进毕业论文，20%以上也可继续做。

（2）如果可用，再看swissmodel自带的评分高低。 GMQE ：可信度范围为 0-1，值越大表明质量越好 QMEAN4：区间-4-0，越接近0，评估待测蛋白与模板蛋白的匹配度越好。

网站：iTASSER 原理：不相似的氨基酸序列也可以对应着相似的蛋白质结构。 补充说明：已知的蛋白质结构有十几万个，但其所具有的不同的结构拓扑只有1393个，也就是说，所有结构都落在这1393个拓扑内！因此，选择匹配能量最低的拓扑。 要求：没要求，比较任性。一般是不能同源建模（一致度＜30%）的蛋白选用这个方法。

注意：必须用学术邮箱注册。

https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/example/ （1）预测的二级结构

（2）预测的残基可溶性（高度暴露的表面残基：9，深埋的内部残基0）

（3）建模使用的模版及多序列比对。不是序列相似性比对，而是用穿线法穿出来。

（4）预测蛋白质功能，以及有可能与之结合的配体和该配体的结合位点

评估：模型质量评估模型质量评估系数C-score：[-5,2]，分值越高，可信度越高。

TM-score：两两结构相似度系数，>0.5说明模型具有正确的结构拓扑，可信，85较好，晶体可达到95，一般来说结果在91以内。

与预先计算好的一系列标准体积的差别，用z-score来表示，显示模版蛋白质与待测蛋白之间的匹配程度，越高越好。 以刚才的同源建模文件为例：

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