1789年7月31日，美国第一部关税法生效后的第二天，国会创设了旨在征收关税的美国海关。1789年9月2日国会设立了财政部，并于1792年5月8日授权财政部长“指导监督进口税的征收”，从而将海关署并入了财政部。1792年，财政部长授权海关总监对海关关税的征收实行直接的监督。海关的职能也随之扩大到包括出口控制、走私、统计收集、保税仓库和沿海运输的管理。

为适应“9.11”后实行国土安全战略和全球反恐战略的要求，2002年11月25日，《2002年国土安全法》正式生效。依据该法案，国土安全部被设立，并且该法在第403节规定，将原属于海关署的职能、人员、资产和负债，以及部分原属于财政部部长的职能移交给国土安全部。因此，美国于2003年1月24日正式组建了国土安全部（Department  of  Homeland  Security）,由原22个联邦机构合并组成，催员多达17万人，成为美国自1947年组建国防部以来规模最大的政府改组。2003年3月1日，美国正式成立海关与边境保护局（Bureau  of  Customs  and  Border  Protection,缩写为CBP）,隶属国土安全部。CBP由原隶属不同政府部门的海关、边境巡逻、移民、动植物卫生检验检疫4个机构合并重组而成 。这是美国对边境执法和口岸管理体制的重要改革，扩大和强化了海关的职能，海关对保障国土安全负有重要责任。

2003年3月1日，美国海关署正式改组为海关及边境保护局，隶属国土安全部，统管边境执法，有4万余催员。原隶属海岸警卫队、移民局和农业部的边境巡逻、移民、动植物卫生检验检疫机构一起并入新组建的海关和边境保护局，美国海关的职能进行了相应调整，海关对保障国土安全负有重要责任。现任海关署长伯纳出任海关及边境保护局的第一任局长，并将继续保留美国海关署长的头衔。

CBP的成立使美国历史上首次实现了由一个机构统一管理进入美国口岸的人员与货物。近30年来，美国就政府改革进行过多次调研，均主张改进边境管理方式，同一边境管理机构。CBP的组建旨在整合执法部门的管理资源和管理技能，提高管理效能与效率，是现在利用一切可支配的资源保护和防御美国免遭侵害的同时便利合法贸易与合法旅行的目标。美国海关及边境保护局的首要使命是防范恐怖分子和恐怖武器进入美国。为此，海关将着力增强美国边境及各口岸的安全，并把美国的安全区扩展至美国的地里边境之外，从而使美国的边境有第一道防线变为最后一道防线。

海关及边境保护局的主要职责还有：缉捕非法入境者和查禁毒品及其他违禁品，保护农业及经济利益免遭有害动植物和疾病的侵害，保护美国商业免遭知识产权侵权的损害，规范与便利国际贸易，征收进口关税，执行美国贸易法律。其中对知识产权实施边境保护是美国海关的六项任务之一，美国海关有权对是否构成商标或版权侵权问题做出实质性的决定。