近期因为要绘制特效基因网络图，所以开始学习Gephi， Gephi是一款功能很强大的网络绘制软件，对于网络可视化很有效，可在官网下载： https://gephi.org/users/download/ 自己之前主要是使用cytoscape绘网络，这两款软件可以说是各有特点，但是这篇笔记只讲Gephi，以后再总结cytoscape的使用

Gephi软件的数据输入需要准备两份： (1) 边(edges)关系表格 (2) 点(node)表格

下载好JDK8,然后安装上Gephi， 打开Gephi就会出现以下界面： 我下载的时Gephi 0.9.2版本，此版本既有英文又有中文，图中的界面分为三块：

我先导入边文件，点击 文件 -> 打开

图的类型可以选择 混合的，有向图， 无向图 注意 当我们导入了边关系的表格之后， 再次导入点关系的表格时， 要选择 Append to existing workspace， 这样我们导入的边和点，就在同一个工作空间内了

导入数据之后，外观这里会有如下界面显示，我们分别选择 节点 或者 边 就可以分别设置节点和边的属性(颜色，大小等等)。 点击调色盘图像可以设置颜色，调色盘旁边的同心圆可以设置节点大小（边没有这个设置) ， A一个下划线的图标 用于设置标签颜色， TT用于设置标签大小

点击 节点 -> 第二个同心圆 - > Ranking -> 渲染方式选择 度 (这样它就会根据度的数目来设置节点的大小，如果一个节点的度数越多，那么它就越大，反之它就越小) 这里我选择最小尺寸20，最大尺寸50

Gephi提供多种布局算法，也可以自己下载插件扩充布局样式( 工具 -> 插件 )，关于布局设置可以详见： https://gephi.org/tutorials/gephi-tutorial-layouts.pdf 我选择 Fruchterman Reingold 布局，点击运行，等网络稳定之后点击停止 可以看到咱们的网络已经初具雏形了

我们的边也可以设置颜色，默认情况下，如果我们为节点分了类标注了不同的颜色，那么我们和节点直接相连的那些边的颜色是和源节点一样的。我们也可以为所有的边设置同样的颜色(点击统一的 unique 即可)， 也可以根据class分类为不同分类下的边设置不同的颜色(点击Partition -> 自己设置好的分类的那一列即可)。 边的粗细可以在预览(preview)里面更改。

我们中间最大的这个图的工作界面也有很多小的工具可以使用 最常用的就是：

图片在概览(overview)中绘制好后，我们就转到预览（Preview），来为图片最后的输出做一些调整和准备 点击预览按钮后，我们转到了预览界面， 此时一定要首先点击 刷新 按钮，否则预览画布中不会自动加载我们overview中的图。 在预览界面中 对网络做了调整之后，也一定要点击 刷新 按钮 才能使我们在预览中的更改生效。 现在我把预览中的背景变黑，并且调整节点的透明度为50，点击刷新

大功告成！ 此时还可以调整边的厚度(bold) 来更改边的粗细，我设置边的厚度为2，可以看到边确实边厚了

在Gephi中绘制好网络图后，点击 文件 -> 输出 选项这里可以设置我们输出文件的大小

注意 在输出这里Gephi有一个较大的bug, 那就是如果我们图中的数据节点较多，那么它可能在输出 PDF 和 SVG的时候 就只有边，而不导出节点，类似于下面这样 我查阅了一些Bug解决方案，但是对我的电脑没用，所以我直接通过设置选项中PNG图片的像素大小，来获取高分辨率的网络图了，虽然我的电脑不能解决，但是bug方案可能对别人的电脑有价值，所以也贴出来供大家参考：